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标题: 能量最小化提示系统是带净电荷的，但我输入过中和电荷的命令，我该如何解决呢 [打印本页]

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Author: Willow0114 时间: 2024-12-9 20:52
标题: 能量最小化提示系统是带净电荷的，但我输入过中和电荷的命令，我该如何解决呢
给位老师，我在能量最小化之前的最后一步就是通过“gmx genion -s ions.tpr -o box_water.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral”来中和系统的电荷，但是在输入“gmx grompp -f em.mdp -c box_water.gro -p topol.top -o em.tpr”进行最小化时，有一个警告如下图所示，大概意思就是系统是净电荷系统，我可以忽略它吗？如果不能的话，我应该如何解决呢？谢谢给位老师 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

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Author: Seyilaxa 时间: 2024-12-10 00:01
看提示的净电荷数，是不是有小数电荷

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Author: sobereva 时间: 2024-12-10 08:44
看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

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Author: Willow0114 时间: 2024-12-10 08:51

sobereva 发表于 2024-12-10 08:44
看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：

sob老师，第一条和第三条中接近于0和偏离整数明显的数有大概的范围吗，比如说0.00X或者0.0X都可以认为是接近于0，0.X就认为是偏离整数明显的数

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Author: sobereva 时间: 2024-12-11 02:16

Willow0114 发表于 2024-12-10 08:51
sob老师，第一条和第三条中接近于0和偏离整数明显的数有大概的范围吗，比如说0.00X或者0.0X都可以认为是 ...

可以这么说

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