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标题: 求助对同一个体系（小分子液体）采用不同的eq文件进行平衡，判断平衡成功的问题 [打印本页]

作者
Author: xxx127 时间: 2024-12-9 21:26
标题: 求助对同一个体系（小分子液体）采用不同的eq文件进行平衡，判断平衡成功的问题
是不是不管mdp文件怎么设置，只要最终通过gmx energy命令从edr文件中观察温度、压强、能量等参数，若这些参数平衡，最终体系都可是为平衡成功？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-10 08:39
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “对同一个体系（小分子液体）采用不同的eq文件进行平衡” 改了，以后务必注意！

该体现在帖子正文里的内容别光写在标题里

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-10 08:41
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

上文明确说了判断方式
注意不当的模拟设置、参数即便平衡了也没实际意义

作者
Author: xxx127 时间: 2024-12-10 13:35

sobereva 发表于 2024-12-10 08:39
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

收到老师下次注意！

作者
Author: xxx127 时间: 2024-12-10 13:45

sobereva 发表于 2024-12-10 08:41
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

老师，那请问若eq后各参数已达到平衡，进行md模拟，但md效果不是特别好怎么办？
体系是两个复合液滴，效果不好表现在一个复合液滴中的核液滴（rightin)间能量始终为0（另一个复合液滴表现良好）：
@ s0 legend "Coul-SR:leftin-leftin"
@ s1 legend "LJ-SR:leftin-leftin"
@ s2 legend "Coul-SR:rightin-rightin"
@ s3 legend "LJ-SR:rightin-rightin"
   0.000000  -478.628479  -118.852997 0.000000 0.000000
1.000000  -474.392029  -103.202522 0.000000 0.000000
2.000000  -471.920166  -122.774239 0.000000 0.000000
3.000000  -473.729126  -126.067245 0.000000 0.000000
4.000000  -470.662170  -121.280731 0.000000 0.000000
5.000000  -475.543701  -107.152908 0.000000 0.000000
6.000000  -472.631958  -117.776604 0.000000 0.000000
7.000000  -475.125946  -117.924507 0.000000 0.000000
8.000000  -472.335083  -97.736244 0.000000 0.000000
9.000000  -473.706116  -100.887009 0.000000 0.000000
10.000000  -477.310669  -91.141815 0.000000 0.000000
11.000000  -474.757172  -92.951813 0.000000 0.000000
12.000000  -476.350311  -84.839539 0.000000 0.000000
13.000000  -480.117004  -86.455193 0.000000 0.000000
14.000000  -471.353333  -86.339157 0.000000 0.000000
15.000000  -478.203552  -71.673683 0.000000 0.000000
16.000000  -479.165161  -85.107513 0.000000 0.000000
17.000000  -478.340668  -75.278351 0.000000 0.000000
18.000000  -473.911987  -83.797638 0.000000 0.000000
19.000000  -476.786499  -91.984390 0.000000 0.000000
20.000000  -478.927826  -100.777863 0.000000 0.000000
21.000000  -480.460876  -96.634804 0.000000 0.000000
22.000000  -474.064606  -105.588707 0.000000 0.000000
23.000000  -477.911804  -97.156754 0.000000 0.000000
24.000000  -478.648193  -99.559036 0.000000 0.000000
25.000000  -472.125824  -104.962997 0.000000 0.000000
26.000000  -485.988861  -85.459961 0.000000 0.000000
27.000000  -484.931335  -108.146156 0.000000 0.000000
28.000000  -478.451111  -104.143417 0.000000 0.000000
29.000000  -475.137848  -90.729675 0.000000 0.000000
30.000000  -483.564087  -85.601746 0.000000 0.000000
31.000000  -482.912079  -94.166672 0.000000 0.000000
32.000000  -478.855347  -90.254486 0.000000 0.000000
33.000000  -484.706238  -104.702026 0.000000 0.000000
34.000000  -486.294495  -94.498283 0.000000 0.000000
35.000000  -487.990967  -81.701225 0.000000 0.000000
36.000000  -484.663788  -101.429947 0.000000 0.000000
37.000000  -490.228119  -89.068947 0.000000 0.000000
38.000000  -481.703430  -101.721565 0.000000 0.000000
39.000000  -482.488403  -88.403488 0.000000 0.000000
40.000000  -484.626770  -102.168518 0.000000 0.000000
41.000000  -484.468872  -104.910881 0.000000 0.000000
42.000000  -483.734802  -96.607147 0.000000 0.000000
43.000000  -481.612854  -84.228065 0.000000 0.000000
44.000000  -479.892548  -85.868683 0.000000 0.000000
45.000000  -487.144745  -72.582977 0.000000 0.000000
46.000000  -482.595276  -88.166504 0.000000 0.000000
47.000000  -488.102997  -87.397392 0.000000 0.000000
48.000000  -487.386230  -93.904411 0.000000 0.000000
49.000000  -484.514435  -102.363945 0.000000 0.000000
50.000000  -483.913025  -102.513077 0.000000 0.000000
这种情况我该怎么办，是继续延长eq时间吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 02:28

xxx127 发表于 2024-12-10 13:45
老师，那请问若eq后各参数已达到平衡，进行md模拟，但md效果不是特别好怎么办？
体系是两个复合液滴，效 ...

跟eq必然没关系
体系结构图也没有，组具体是怎么定义的也不描述，没法回答。说不定本来组都没定义对

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