计算化学公社

标题: 求助gromacs计算分子间非键相互作用能的结果不符合预期 [打印本页]

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Author: 花临_ 时间: 2024-12-10 08:43
标题: 求助gromacs计算分子间非键相互作用能的结果不符合预期
体系（含有10分子物质A、50分子哌嗪PIP的4900分子水溶液和500分子正己烷HEX有机物）nvt结束后使用-rerun（使用GROMACS计算分子间相互作用|Jerkwin）分别计算A-PIP、A-H2O、A-HEX的非键相互作用能，分别约为-140 kJ/mol、-8200 kJ/mol、-900 kJ/mol，参考别人的结果，预期应该是Enonbonded（A-PIP）最小，有知道是什么原因吗（有人说是需要除以相应的分子数量，但能量值-2.xx正常吗）？谢谢

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Author: sobereva 时间: 2024-12-11 01:20
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “【gromacs计算非键相互作用能】” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

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Author: 花临_ 时间: 2024-12-13 12:42

sobereva 发表于 2024-12-11 01:20
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的麻烦老师。我下次注意

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Author: sobereva 时间: 2024-12-14 02:10
对两类分子总的相互作用能除以分子对数，得到每一对分子间的平均相互作用能，才有意义
计算设置得当的前提下该多大就是多大。都不说明分子具体特征，单位也不给，体系截图也没有，问具体大小合不合理毫无意义

作者
Author: 花临_ 时间: 2024-12-15 12:30

sobereva 发表于 2024-12-14 02:10
对两类分子总的相互作用能除以分子对数，得到每一对分子间的平均相互作用能，才有意义
计算设置得当的前提 ...

明白了，谢谢老师

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