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标题: 分子间作用力的计算 [打印本页]

作者
Author: xiemin821 时间: 2017-2-13 19:16
标题: 分子间作用力的计算
大家好，我是是做分子团簇研究的，最近想到一个简单的问题，不知道答案，希望各位予以帮助，谢谢大家！

我想计算分子团簇中去掉一个分子需要多少能量。我想到两种算法：（以下用AB两个分子的团簇为例子）

1. 分别优化AB， A， B，用　Ｅ（AB）－（Ｅ（Ａ）＋Ｅ（Ｂ））．

2. 优化AB，然后做scan，逐渐拉开A和B的距离，这样能垒就是去掉分子的能量。

对于三个分子和三个以上的分子团簇，不知道用哪个方法比较好？或者您有别的其他什么方法请指教。

另，如果是多分子团簇，scan的办法好像有点难，不知道怎么拉开距离。

问题有些小白，希望大家不吝赐教！谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-2-13 19:31
量化不清楚
可以采用分子动力学里面的inportance sampling方法，选定一个分子和除了这个分子以外所有分子的质心距离为反应坐标，做自由能计算
你可以得到沿着反应坐标的自由能变化，对自由能曲线积分就可以得到binding free energy

作者
Author: ggdh 时间: 2017-2-13 20:01
看你的描述，你是关心热力学问题。这样就不需要scan。算能垒获得的结果是分子团簇中去掉一个分子的速度有多快。而不是分子团簇中去掉一个分子需要多少能量。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-13 22:44
对于就AB两个分子的情况，就用1就完了，是最标准最常用的做法。完全用不着scan

多分子的情况需要考虑得更多一些，一个分子走后剩下的部分会发生弛豫，如果以量化方式研究就需要分别搜索出N和N-1分子团簇的最优构型，但也不是用scan来考察的。

作者
Author: agent99 时间: 2017-2-14 00:37

fhh2626 发表于 2017-2-13 19:31
量化不清楚
可以采用分子动力学里面的inportance sampling方法，选定一个分子和除了这个分子以外所有分子 ...

楼主要的貌似只是energy而非free energy

作者
Author: agent99 时间: 2017-2-14 00:38
同意sob，另外别忘了做counterpoise correction

作者
Author: xiemin821 时间: 2017-2-14 10:22

sobereva 发表于 2017-2-13 22:44
对于就AB两个分子的情况，就用1就完了，是最标准最常用的做法。完全用不着scan

多分子的情况需要考虑得 ...

感谢回复。那就是说用1的方法就好了吗？只要找出分开两部分的最优结构能量减去原来团簇的能量就行了吗？

作者
Author: xiemin821 时间: 2017-2-14 10:23
感谢大家的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-14 15:06

xiemin821 发表于 2017-2-14 10:22
感谢回复。那就是说用1的方法就好了吗？只要找出分开两部分的最优结构能量减去原来团簇的能量就行了吗？

如果你研究的是整个过程的能量变化，是这样

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