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标题: 生物分子体系使用newtonx碰到的一些问题 [打印本页]

作者
Author: zhangdai233 时间: 2024-12-10 11:02
标题: 生物分子体系使用newtonx碰到的一些问题
我使用的软件是newtonx-2.6-b01和Gaussian16 C.01
根据查到的教程中第4和第5节的内容："https://gr.xjtu.edu.cn/c/document_library/get_file?folderId=2704407&name=DLFE-129821.pdf"，我尝试针对不同体系运行非绝热激发态动力学模拟

但在执行过程中碰到了一些问题：
1.根据4.4节内容和手册，计算一个脂质分子的initial conditions，输入文件initqp_input如下：
&dat
nact = 2
iprog = 4
numat = 95
npoints = 100
file_geom = geom
file_nmodes = freq.out
anh_f = 1
rescale = n
temp = 300
ics_flg = n
icf_flg = y
chk_e = 1
prog = 6.5
iseed = -1
nis = 1
nfs = 2000
kvert = 1
ip_type = 1
do_type = 1
eq_geom = y
lvprt = 1
/

提交后计算过程中报错：
cp: cannot stat ‘epot0.2’: No such file or directory
cp: cannot stat ‘oos.2’: No such file or directory

我发现是因为temp文件夹下没有产生相应的文件，另外两个体系输入参数基本相同(体系原子数不一样，计算激发态数量不一样)，但没有这个报错，

2.教程5.4节，计算一个八肽段的激发态动力学，按照教程准备输入文件：
&input
nat = 83
nstat = 105
nstatdyn = 105
dt = 0.5
tmax = 1000
prog = 6.5
thres = 100
/

报错：
At line 1739 of file sh_mod.f90 (unit = 3, file = '../RESULTS/tprob')
Fortran runtime error: Expected INTEGER for item 36 in formatted transfer, got REAL
(f15.9,X,3i9,30f15.9)

检查了源码，这里应该是每步模拟输出，会输出到RESULTS/tprob文件中，需要三个整型数：substep、step、state。但这里不知道为什么传入的不是整型数

3.在教程4.4节和5.4节，他都会计算激发态，我发现前后计算的激发态对应不上：
同样是八个丙氨酸组成的八肽段，计算initial conditions时的104states：
Excited State 104:    Singlet-A    6.4243 eV  192.99 nm  f=0.0141  <S**2>=0.000
   149 -> 163    -0.10180
   149 -> 169       0.14411
   150 -> 169       0.12189
   151 -> 162       0.22647
   153 -> 163       0.10907
   153 -> 165       0.19754
   153 -> 169       0.10932
   155 -> 163       0.10637
   155 -> 164    -0.13112
   155 -> 165       0.18770
   155 -> 166       0.13844
   157 -> 181       0.16629
   157 -> 185       0.12827

跑激发态动力学时，104states：
Excited State 104:    Singlet-?Sym 6.0310 eV  205.58 nm  f=0.0969  <S**2>=0.000
   128 -> 158    -0.12953
   129 -> 158       0.35377
   130 -> 158       0.10564
   131 -> 158    -0.20079
   155 -> 166       0.19284
   155 -> 167       0.24620
   155 -> 173       0.10865

以上就是我的碰到一些问题，想问问大家有没有碰到，怎么解决的。
或者有没有别的一些方法能跑一些比较大的体系的激发态的MD。
感谢能看到这里，谢谢。

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