计算化学公社

标题: MS studio 的dmol3模块如何计算分子在水溶剂中和冰面上的结合能？ [打印本页]

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作者
Author: jiahui    时间: 2024-12-10 13:27
标题: MS studio 的dmol3模块如何计算分子在水溶剂中和冰面上的结合能？


请问老师们，我需要计算如下文所示的分子与水溶剂和分子在冰面上的结合能，模型建好了，但是用dmol3模块优化结构总是不收敛，想问问老师们我做的是不是哪里有问题，如何才按照别人文章里的方法得到相似的结果，问问老师们有没有其他办法，请老师们指教
science原文中的图和计算方法如下：
我的体系如下：
dmol3操作和报错信息如下word 和输出文件oumol所示：

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-12-11 03:03
Gaussian比Dmol3干这种事强太多了。Dmol3里你选的TS色散校正早就过时了
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

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作者
Author: jiahui    时间: 2024-12-12 21:03


卢老师，我又重新建模用gaussian 优化了一次，参考了http://sobereva.com/406
Gaussian输出文件如zip所示，到这里优化两天不动了，也不报错
用的是linux 版本，超算128核计算的，学生有点怀疑自己是不是没理解到位，请老师指点

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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2024-12-14 13:56

jiahui 发表于 2024-12-12 21:03
卢老师，我又重新建模用gaussian 优化了一次，参考了http://sobereva.com/406
Gaussian输出文件如zip所示 ...

这输入文件里包围有机物的水分子看起来是随机朝向的，没形成氢键网络，这样Gaussian优化自然困难。

社长那篇博文有点老了，现在更推荐的做法是用Molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）结合genmer生成水分子包围有机物的团簇初始构型，再调用xtb在便宜的计算级别下跑动力学模拟、批量优化并去重，待团簇只剩下少数比较合理的候选结构再上Gaussian做DFT计算。

编辑：上述操作处理的孤立团簇尺寸足够的话相当于有机物处于水溶液环境的情况。至于有机物放在冰面的情况，可以考虑用genice生成冰晶体的表面并建模，然后用CP2K等做周期性体系计算，或者截取足够大的冰晶体基底结合适当边缘冻结来按簇模型计算。

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