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标题: lammps报错ERROR on proc 0: Not a valid floating-point number。 [打印本页]

作者
Author: MIMOCJW 时间: 2024-12-10 16:26
标题: lammps报错ERROR on proc 0: Not a valid floating-point number。
lammps运行报错结果
D:\Lammps\CFRP-X>lmp -in in.CFRPX
LAMMPS (2 Aug 2023 - Update 3)
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:98)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
Loaded 1 plugins from D:\Users\C\AppData\Local\LAMMPS 64-bit 2Aug2023-MSMPI\plugins
Reading data file ...
  orthogonal box = (0 0 0) to (31.0997 31.0997 56.507)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
  reading atoms ...
  5211 atoms
  scanning bonds ...
  3 = max bonds/atom
  scanning angles ...
  6 = max angles/atom
  scanning dihedrals ...
  13 = max dihedrals/atom
  scanning impropers ...
  4 = max impropers/atom
  reading bonds ...
  5285 bonds
  reading angles ...
  9684 angles
  reading dihedrals ...
  16599 dihedrals
  reading impropers ...
  3840 impropers
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
  special bond factors lj: 0       0       0
  special bond factors coul:  0       0       0
   4 = max # of 1-2 neighbors
   8 = max # of 1-3 neighbors
18 = max # of 1-4 neighbors
21 = max # of special neighbors
  special bonds CPU = 0.002 seconds
  read_data CPU = 0.109 seconds
ERROR on proc 0: Not a valid floating-point number: 'alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u.' (src/REAXFF/reaxff_ffield.cpp:596)
Last command: pair_coeff                   * * ffield.ff Al C C C C H H H N O O O O S

job aborted:
[ranks] message

[0] application aborted
aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 0

具体浮点错误怎么都找不到，已经修改过力场格式了。求大神帮忙找找错误的地方，谢谢。

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2024-12-11 11:15
你的力场文件有一些问题，在29Aug2024版的lammps中，在reaxff_ffield.cpp里写了这一段：

      // check if header comment line is present

      auto line = reader.next_line();
      if (strmatch(line, "^\\s*[0-9]+\\s+!.*general parameters.*"))
      THROW_ERROR("First line of ReaxFF potential file must be a comment or empty");
      ++lineno;

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

然后是读取39行第一个值并储存：
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

我估摸着这一步因为你文件开头少了一行，导致读到的“general parameters”，也就是文件中的n=50（第二行）
所以读到 “9 ! Nr of atoms; cov.r; valency;a.m;Rvdw;Evdw;gammaEEM;cov.r2;# ”这一行之后了，
因为它只会读取第一个数字，所以这行还没报错，
下一行“alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u. ”就因为不能转化为double格式而报错
所以你可以在文件第一行空一行或者随便写点什么试一下

另外之后是读取原子种类数量这一行+三行注释：
      // next line is number of atom types followed by 3 lines of comments

      values = reader.next_values(0);
      n = values.next_int();
      reax->num_atom_types = n;
      reader.skip_line();
      reader.skip_line();
      reader.skip_line();
      lineno += 4;

也就是说必须是4行且紧跟着上面的参数，数量不能错

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2024-12-11 11:19
哦对了，附一个以前van Duin做的CHO体系的力场文件，
因为开头有6行多余的字符，所以也是不能直接复制下来用的，
所以很多以前的力场文件因为程序的变动有可能会出错，需要修改
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: MIMOCJW 时间: 2024-12-11 15:03

jrfjrf123 发表于 2024-12-11 11:19
哦对了，附一个以前van Duin做的CHO体系的力场文件，
因为开头有6行多余的字符，所以也是不能直接复制下来 ...

感谢您的回答，我还想问一下，我修改力场之后能运行，但是后面运行基本上就会出现两种情况，一种是警告WARNING: Fix qeq/reaxff CG convergence failed after 200 iterations at step 1 (src/REAXFF/fix_qeq_reaxff.cpp:775)，一种是报错ERROR on proc 0:Non-numeric atom coords- simulation unstable (src/0PENMP/domain_omp.cpp:58)，能麻烦您解答一下吗，谢谢。

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2024-12-11 15:33
第一个字面意思，超过这种算法的迭代次数了，就会抛出错误，imax就是你设置的maxiter值，默认为200：
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

但因为我没看过这篇文献，不太清楚为什么出错，你可以看看：

fix qeq/reaxff command: doi:10.1016/j.parco.2011.08.005\n\n"
  "@Article{Aktulga12,\n"
  " author = {H. M. Aktulga and J. C. Fogarty and S. A. Pandit and A. Y. Grama},\n"
  " title = {Parallel Reactive Molecular Dynamics: {N}umerical Methods and Algorithmic Techniques},\n"
  " journal = {Parallel Computing},\n"
  " year = 2012,\n"
  " volume =  38,\n"
  " pages = {245--259}\n"

第二个就是明显的压力炸了，一般是初始结构不合适或者力场参数不合适，具体问题要看你的结构和in文件综合来看，原因可能有很多

作者
Author: MIMOCJW 时间: 2024-12-11 16:10

jrfjrf123 发表于 2024-12-11 15:33
第一个字面意思，超过这种算法的迭代次数了，就会抛出错误，imax就是你设置的maxiter值，默认为200：

感谢您的回答

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