计算化学公社

标题: win版xtb的UI界面-更新chemdoodle绘板 [打印本页]

作者
Author: wal 时间: 2024-12-10 18:36
标题: win版xtb的UI界面-更新chemdoodle绘板
本帖最后由 wal 于 2024-12-26 11:45 编辑

-12.19更新-
- 收到反馈，有些电脑用我原来那个set.bat设置不了环境变量，但是我这边测试的时候没问题XD
这里重新写了一个，如果还有问题可以继续反馈，也可以在设置里搜索系统变量，然后手动把压缩包里OpenBabel-2.4.1和xtb-6.7.1\bin文件夹的绝对路径加进用户变量的path变量里，然后用exe启动
- 加了chemdoodle绘板，可以在程序里画出来然后直接导进xtb计算，点击绘制分子按钮使用。注意chemdoodle绘板第一笔是添加一个碳，第二笔需要以那个碳为基础继续画。对于分子结构比较拥挤的分子不推荐直接用这个导出直接算，因为力场有一定概率给你整活，还是建议在可视化界面检查一下结构是不是合理
- 加了导出选项，导出时自动把xtbopt.xyz用obabel转换为其他格式，比如转成sdf可以用chem3d打开，给小白设计的功能
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源码v0.2： (, 下载次数 Times of downloads: 43)
打包版v0.2(exe可执行文件)：https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2024/12/xTB-GUI-v0.2.zip
源码主要是openbabel的js库占的体积，其实完全可以优化掉，只用本地的openbabel，我这边是挪了给另一个程序写的chemdoodle.html懒得再改再debug()大伙可以自由发挥
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看了一眼3L提到的xtbGUI，发现他们有写的自带的JMOL可视化，这个挺好的，下个版本安排一下

以下为原帖
最近开始用xtb做预优化了，但是嫌xtb命令太长，手动敲太麻烦，Windows的bat脚本也是一言难尽，于是干脆整了个ui，顺便让仍然在用chem3d，跑mm2优化结构的实验组同学也能玩玩xtb
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需要命令行调用xtb和openbabel，打包版里我附带了这俩程序和设环境变量的脚本，源码版会用的应该不用我帮忙设置。win版xtb用的是这个帖子的6.7版本。
PS:其实必须过openbabel这个逻辑可以删，只要你能保证你给的xyz，sdf和mol文件xtb可以支持。实际发现xtb只认chem3d导出的mol3000和sdf3000，xyz完全不认，所以就干脆不管三七二十一全都过一下obabel保证能跑。这里小改一下应该可以直接用smiles运行的，但有时力场会优化出非常抽象的玩意（我上次一个羧基给我搞成C-O-O-H），最好还是可视化检查一下
哦对了，环境变量我只写了path的，想用gfn0和设置并行核数之类的还是要按这个帖子里讲的来设置
傻瓜UI。输入文件可以拖进来也可以点选；能做sp，opt，hess，ohess，md；溶剂用的是albp；欢迎魔改，改完最好先发我让我爽一下

md可以在界面上编辑参数，预设的值全是xtb默认值。（但是做完想了一下，谁家用windows跑md啊

自己电脑测了一下，4*17原子，gfn2-xtb跑50ps伪AIMD用了20分钟，各位量力而行）
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运行完成后可以选择保存输出，也可以就在框里看
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下载：
源码： (, 下载次数 Times of downloads: 24)
打包版(exe可执行文件)https://pub-ec46b9a843f44891acf0 ... 2024/12/xTB-GUI.zip

晚上想了一下，移植到Linux可能不难，扔给GPT或者Claude应该就能改好，但我这边linux机子全都没图形界面，所以也没法测试，各位大能可以各显神通

作者
Author: lindlar 时间: 2024-12-10 20:19
牛呀！！！收藏啦

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-18 09:38
小声说一句，刚发现社长在http://bbs.keinsci.com/thread-38617-1-1.html说到的平台也提供有xtb的Windows和Linux版GUI，在https://atomistica.online/atomistica-academic/#desktop_apps可以下载，不过还没试用过。

顺便问问，python源码是用什么工具打包成exe可执行文件的？

作者
Author: wal 时间: 2024-12-18 10:34

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-18 09:38
小声说一句，刚发现社长在http://bbs.keinsci.com/thread-38617-1-1.html说到的平台也提供有xtb的Windows和 ...

pyinstaller
自己写的优势在可以随便魔改

我最近准备把chemdoodle画板嵌进去，摆脱chemdraw

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-18 10:56
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-18 10:59 编辑

wal 发表于 2024-12-18 10:34
pyinstaller
自己写的优势在可以随便魔改我最近准备把chemdoodle画板嵌进去，摆脱chemdraw

作者
Author: wal 时间: 2024-12-18 11:06
本帖最后由 wal 于 2024-12-18 11:19 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-18 10:56
**** 本内容被作者隐藏 ****

作者
Author: exity 时间: 2024-12-19 08:01
MD功能加一个球形约束势更完美。

作者
Author: wal 时间: 2024-12-19 10:07

exity 发表于 2024-12-19 08:01
MD功能加一个球形约束势更完美。

可以手动加的，按照xtb语法要求写就行，只是脚本带的的模板里没写
那个md输入框在计算的时候会保存成md.inp提供给xtb，跟自己写一个应该是没区别的

作者
Author: anson 时间: 2024-12-19 12:38
笑死

(, 下载次数 Times of downloads: 27)

作者
Author: wal 时间: 2024-12-19 18:17

anson 发表于 2024-12-19 12:38
笑死

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2024-12-19 20:08
请问我按照要求编辑了环境变量，但是一双击exe就提示这个，怎么解决啊？

作者
Author: wal 时间: 2024-12-19 20:30
本帖最后由 wal 于 2024-12-19 20:32 编辑

嘤嘤嘤发表于 2024-12-19 20:08
请问我按照要求编辑了环境变量，但是一双击exe就提示这个，怎么解决啊？

那个_internal文件夹是脚本的依赖，要放在xTB_GUI.exe同一目录下才能正常运行

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2024-12-20 17:04

wal 发表于 2024-12-19 20:30
那个_internal文件夹是脚本的依赖，要放在xTB_GUI.exe同一目录下才能正常运行

请问_internal文件夹在哪啊？我在下载的xtb包里没有发现

作者
Author: wal 时间: 2024-12-20 17:18

嘤嘤嘤发表于 2024-12-20 17:04
请问_internal文件夹在哪啊？我在下载的xtb包里没有发现

你下载的xtb-gui.zip解压后没有_internal文件夹吗?不是xtb6.7.1，是主目录。包里带的xtb6.7.1是原版xtb。
如果还是没找到，晚上回去我检查一下是不是传错压缩包了。我觉得不应该，因为楼上都运行起来了

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2024-12-20 18:58

wal 发表于 2024-12-20 17:18
你下载的xtb-gui.zip解压后没有_internal文件夹吗?不是xtb6.7.1，是主目录。包里带的xtb6.7.1是原版xtb。 ...

好了，谢谢，运行成功了

作者
Author: lanthanum 时间: 2024-12-21 00:47
楼主大牛！能否给编译个win版的crest_3.0.2加到这个程序包里，感谢！

作者
Author: wal 时间: 2024-12-21 09:34

lanthanum 发表于 2024-12-21 00:47
楼主大牛！能否给编译个win版的crest_3.0.2加到这个程序包里，感谢！

暂时没用过这个功能我最近到处出差等忙完了看看

作者
Author: SunRuikang 时间: 2025-1-10 20:57
感觉可以考虑使用Ketcher作为分子的GUI输入，已经被Chemicalbook等平台验证过了。另外请教一下，为什么说当下用xtb发文章是值得惊讶的事情？似乎量子化学的开源力量只有xtb是能打的了

作者
Author: wal 时间: 2025-1-11 09:12

SunRuikang 发表于 2025-1-10 20:57
感觉可以考虑使用Ketcher作为分子的GUI输入，已经被Chemicalbook等平台验证过了。另外请教一下，为什么说当 ...

chemdoodle是我写别的东西写了有现成的，就给融进来了，我有空了解一下ketcher
不过chemdoodle也是scifinder在用的，可靠性没必要怀疑
我见识少，近年的文章只见过xtb优化的结构用于生信或者ML训练，正儿八经发理论或者实验文章用xtb的我确实没怎么见

所以如果有xtb算了一下就能发的一定是其他地方水平很高的文章，必须瞻仰一下

作者
Author: kyuu 时间: 2025-1-20 04:24
win11使用不能

作者
Author: wal 时间: 2025-1-20 10:14

kyuu 发表于 2025-1-20 04:24
win11使用不能

我自己就是win11的

作者
Author: neocc 时间: 2025-5-7 12:21
建议群主加一下sob老师结合gaussview的可视化功能，再带上TS计算。

PS：
https://github.com/npe1011/xtboptts
这个里面用来专门算TS的，也不错，用jmol可视化，缺点是没变法看振动矢量

作者
Author: wal 时间: 2025-5-7 12:33
本帖最后由 wal 于 2025-5-7 12:39 编辑

neocc 发表于 2025-5-7 12:21
建议群主加一下sob老师结合gaussview的可视化功能，再带上TS计算。

PS：

结合gview的倒是很简单，我前一段时间写了不少xyz直达gview的小部件，单帧多帧都能行。但TS我目前没怎么用xtb玩过，等我有空了看看
可视化矢量也不难，最近我用3Dmol已经写成了，就是想弄到tkinter里不太容易

还有个方案是利用一下xtb算hessian的时候那个仿g03的输出，给他整理成gview6能直接打开的格式🤔

作者
Author: neocc 时间: 2025-5-7 21:26

wal 发表于 2025-5-7 12:33
结合gview的倒是很简单，我前一段时间写了不少xyz直达gview的小部件，单帧多帧都能行。但TS我目前没怎么 ...

楼主实力很强哈~膜拜
可以结合ML的方法从smiles里面找TS（https://github.com/chimie-paristech-CTM/TS-tools）

PS：
最近生成式AI很火，楼主可以试试TSdiff或者OA-ReactDiff
PSS:
crest能不能搜索TS？

作者
Author: lywbanner 时间: 2025-5-11 15:54
你好楼主，谢谢分享！不过今天说另外一件事，就是XTB不能运行锰元素，我试了，好像不行，
我觉得是个bug。你能否试验一下？谢谢！

作者
Author: 15939474177 时间: 2025-5-16 17:32
我按照博主的方法下载了打包版，并且手动安装了OpenBabel-2.4.1和xtb-6.7.1\bin文件夹的绝对路径加进用户变量的path变量里，也弄了这个想用gfn0和设置并行核数之类的还是要按这个帖子里讲的来设置，但是运行时出现了如下的问题，cmd管理端窗口直接闪退了，运行界面一直是下图，应该是运行不了，这是什么原因呢？谢谢博主解答

作者
Author: Solitude198 时间: 2025-5-20 21:59
话说opt任务在运行时能通过自定义参数实现限制性优化吗，我自定义参数输入

$constrain
distance:10, 20, auto
$end

似乎并不会像md一样自动转化为 inp文件

作者
Author: wal 时间: 2025-5-20 22:28

Solitude198 发表于 2025-5-20 21:59
话说opt任务在运行时能通过自定义参数实现限制性优化吗，我自定义参数输入

$constrain

我记得那个inp窗口是专门给md设计的，当时想着就简单跑点东西，就没考虑那么多进阶功能

作者
Author: njust-lbc 时间: 2025-8-1 10:54

wal 发表于 2025-5-20 22:28
我记得那个inp窗口是专门给md设计的，当时想着就简单跑点东西，就没考虑那么多进阶功能

请问直接双击exe文件出现这种提示是怎么回事呢？双击set.bat是可以正常使用的

作者
Author: wal 时间: 2025-8-1 11:01

njust-lbc 发表于 2025-8-1 10:54
请问直接双击exe文件出现这种提示是怎么回事呢？双击set.bat是可以正常使用的

你需要确保obabel命令在命令行可用。我嫌讲解这个麻烦，就给了一个临时设定环境变量的脚本。如果你想直接exe启动就把openbabel可执行文件的路径放到PATH里

作者
Author: njust-lbc 时间: 2025-8-1 11:06

wal 发表于 2025-8-1 11:01
你需要确保obabel命令在命令行可用。我嫌讲解这个麻烦，就给了一个临时设定环境变量的脚本。如果你想直接 ...

哦哦哦好的好的，谢谢！

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