计算化学公社

标题: 求助：Tobermorites晶体收敛情况判断 [打印本页]

作者
Author: xjtuglr 时间: 2024-12-10 21:31
标题: 求助：Tobermorites晶体收敛情况判断
本帖最后由 xjtuglr 于 2024-12-11 00:48 编辑

各位老师好，我通过CP2K进行Tobermorites的变胞优化，目的是做振动分析，之前提问过初步的问题，传送门http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 43&page=1#pid318302
目前在各位老师和卢老师的指导下，对晶体初始结构进行了修改，由于要计算振动分析，因此通过Multiwfn进行了331扩胞，扩胞之后使用GFN1-xTB对添加的H原子进行了位置优化，完成优化以后实用PBE-D3BJ进行变胞优化，没有使用严格收敛限，开启OT，优化算法采用BFGS，计算环境为4*32核心总计128核心计算，计算速度并不算快，一开始跑了100多步没有收敛，暂停观看轨迹之后感觉还算正常，之后续算，目前400步已跑完，没有收敛，但在310-340步左右出现了3个yes，没有对这么大的体系优化过，经验不是很足，在附件中上传了初始结构、GFN1-xTB预优化之后的inp文件，400步之后的out文件和轨迹文件，想请各位老师看看目前这个情况是继续增加步数去计算还是有需要调整的地方？因为实在超算上跑的不太确定如何判断是否出现了振荡，谢谢各位老师！
20241211补充更新：续算了之前400步的结果，614步达到了全部的收敛限，但是不确定还是否存在奇怪的成键，极化在614结果的基础上继续做严格收敛限的计算
补充说明：附件中question为初次提问400步结果，pre为补充的预优化结果，result为614步全部收敛完成的结果
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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-10 22:09
PBE-D3BJ优化轨迹的初始结构还是有氧原子和氧原子成键的异常现象……
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补氢和扩胞生成CP2K输入文件之后，GFN1-xTB预优化氢原子位置这一步的输入输出文件有无保留？

作者
Author: xjtuglr 时间: 2024-12-11 00:36
本帖最后由 xjtuglr 于 2024-12-11 00:47 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-10 22:09
PBE-D3BJ优化轨迹的初始结构还是有氧原子和氧原子成键的异常现象……

补氢和扩胞生成CP2K输入文件之后， ...

有的，我重新编辑了一下，发在了贴子里了，谢谢老师，刚上服务器看了一下结果，最新的结果已经更新了

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-11 13:39
t11optpre-1.restart里面GFN1-xTB优化结束的结构和T11OHopt2xu.inp里面开始变胞优化的结构在Wat6氧原子附近明显不同且都不太合理，前者还有独立的羟基但氢错误朝向氧正上（下）方的钙，后者把这羟基移到和旁边一个氧原子过近的位置成了过氧键（并且一直保留到变胞优化结束）。此外其他水分子的氢朝向也有所偏差。这中间是否仍有其他操作？

作者
Author: xjtuglr 时间: 2024-12-12 14:33

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-11 13:39
t11optpre-1.restart里面GFN1-xTB优化结束的结构和T11OHopt2xu.inp里面开始变胞优化的结构在Wat6氧原子附近 ...

没有别的操作了，我再检查一下

作者
Author: KemingZhu 时间: 2024-12-25 20:21
楼主您好，我也是小白，感觉是不是有可能是初始结构的问题，我下载了楼主的补氢过后的结构文件，发现这个结构好像不太对。
根据Merlino的原始文献，楼主选的构型应该是文献中提到的Anomalous tobermorite from Wessels mine。这个构型中，Tobermorite 11的原子总数为88 单胞的水分子数为10，羟基数目为4个，化学式为Ca4Si6O15(OH)2(H2O)5 这些跟楼主的结构文件好像都对不上。
而且，我好像发现晶体结构数据库中tobermorite的cif文件有一些问题，感觉还是根据原始文献从比例坐标出发自己转化一下比较好。不知道是不是这个的问题。

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