计算化学公社

标题: 求助cp2k计算NPT_I控制压强压缩水盒子以及带真空层的水盒子动力学计算问题 [打印本页]

作者
Author: liurui 时间: 2024-12-11 10:27
标题: 求助cp2k计算NPT_I控制压强压缩水盒子以及带真空层的水盒子动力学计算问题
各位老师，学生用cp2k在M06-2X with ADMM/DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q1层次计算30个水以及60个水，密度1g/cm3构建的无定形盒子，用的csvr方法控制热浴，TIMECON =200，之前看博主老师在其他帖子回复NPT不用Nose-Hoover therm ;但是，学生感觉奇怪的点在于学生发现out文件里输出的pressure并没有维持在输入文件里设置的1bar，输入和输出文件如附件所示,请各位老师帮学生看看是不是哪里整的不对，谢谢各位老师！非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 10:56
纯水体系跑MD没事甭用杂化泛函，尤其是M06-2X，又贵又没好处。一般目的PBE-D3(BJ)足矣
又是用了SCREEN_ON_INITIAL_P T而不读wfn文件，典型的致命错误，好好看
CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子
http://sobereva.com/690（http://bbs.keinsci.com/thread-41087-1-1.html）
绝对不要在没杂化泛函使用常识的情况下用杂化泛函

“NPT不用Nose-Hoover therm ”完全语义不明

带那么大真空区作甚。倘若就是要模拟气水界面显然应该用NVT

作者
Author: liurui 时间: 2024-12-11 16:09

sobereva 发表于 2024-12-11 10:56
纯水体系跑MD没事甭用杂化泛函，尤其是M06-2X，又贵又没好处。一般目的PBE-D3(BJ)足矣
又是用了SCREEN_ON_ ...

老师，学生NVT和NPT都要跑, canonical ensemble [NVT] and isothermal-isobaric ensemble [NPT], temperature [270, 300, 330, 400, 500, 600 K], and pressure [0.2, 1, 5, 10 bar]),想与前人发表的一篇工作做的类似，前人的这篇工作用vasp进行的计算；老师，您之前在回复帖子回复变温过程用Nose-Hoover热浴是众所周知的禁忌，会出现震荡我建议一律用CSVR热浴。Nose-Hoover没必要考虑，想着这里用CSVR，是不是学生这里用Nose-Hoover也是合理的哇，谢谢老师！

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-11 21:46
怎么这帖也有种http://bbs.keinsci.com/thread-50088-1-1.html的既视感，也是没有太多CP2K做水溶液AIMD的经验却要急着复现文献用杂化泛函跑MD的工作……我就不重复一遍那楼里面我的两条评论了，请自行移步好好阅读。

回一楼“输出的pressure并没有维持在输入文件里设置的1bar”，看下述社长博文，特别是有关压力的部分。
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

回三楼“是不是学生这里用Nose-Hoover也是合理的”，这取决于目的是要复现文献还是要自己产生数据，注意文献的设置未必合理。

作者
Author: liurui 时间: 2024-12-11 22:03

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-11 21:46
怎么这帖也有种http://bbs.keinsci.com/thread-50088-1-1.html的既视感，也是没有太多CP2K做水溶液AIMD的经 ...

收到，谢谢老师，我马上仔细阅读理解一下子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 23:20

liurui 发表于 2024-12-11 16:09
老师，学生NVT和NPT都要跑, canonical ensemble [NVT] and isothermal-isobaric ensemble [NPT], tempera ...

CP2K里若无特殊情况一律别用Hose-Hoover，没事用它干嘛，明明CSVR更普适

作者
Author: liurui 时间: 2024-12-12 14:51

sobereva 发表于 2024-12-11 23:20
CP2K里若无特殊情况一律别用Hose-Hoover，没事用它干嘛，明明CSVR更普适

收到，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)