计算化学公社

标题: 体系大概一百九十个原子，用B97-3c优化，计算速度慢，该如何提升计算速度？ [打印本页]

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-11 17:08
标题: 体系大概一百九十个原子，用B97-3c优化，计算速度慢，该如何提升计算速度？
orca计算，体系大概一百九十个原子，用的B97-3c机组优化。scf已经五个多小时了，还没有输出第一帧。
体系有六个Zr,其余是碳氢氧。防止骨架坍塌，固定了几个碳原子。
想咨询一下，该如何提升计算速度
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

作者
Author: abin 时间: 2024-12-11 19:00
先说说你的硬件规格呀……

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-12-11 21:38
减小基组到double zeta。或者假如你用的是ORCA 5.0的话，更新到ORCA 6.0

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 21:43
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “计算速度慢” 改了，以后务必注意！

B97-3c叫方法不叫基组

搞清楚当前正常并行、安装没有，仔细看
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）

不说计算资源问计算速度毫无意义。倘若就是个笔记本电脑，B97-3c优化190多原子体系开玩笑

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-12 09:10
本帖最后由 zongshu 于 2024-12-12 09:13 编辑

abin 发表于 2024-12-11 19:00
先说说你的硬件规格呀……

计算硬件一般，Intel(R) Xeon(R) Platinum 8173M CPU @ 2.00GHz 2.00 GHz  (2 个处理器)，内存176 GB

! B97-3c opt noautostart miniprint nopop slowconv SOSCF
%maxcore  3000
%pal nprocs  72 end

这是我的设置

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-12 09:15

sobereva 发表于 2024-12-11 21:43
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

并行是安装了的。谢谢老师。具体参数我已经回复了

作者
Author: snljty2 时间: 2024-12-12 09:34
8173M双路才56核，你为啥用72进程算呀，那肯定慢啊

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-12 12:42

snljty2 发表于 2024-12-12 09:34
8173M双路才56核，你为啥用72进程算呀，那肯定慢啊

我用的是win版，显示是112个

作者
Author: abin 时间: 2024-12-12 13:55
几个内存条?

要不你关闭超线程?

作者
Author: snljty2 时间: 2024-12-12 15:01
本帖最后由 snljty2 于 2024-12-12 15:02 编辑

zongshu 发表于 2024-12-12 12:42
我用的是win版，显示是112个

那是逻辑核心，不是物理核心。参考卢老师博文正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响。不建议用Windows版。以及考虑上面提到的内存通道数问题。

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-12 15:04

abin 发表于 2024-12-12 13:55
几个内存条?

要不你关闭超线程?

内存条我记得是插满了，十几根

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-13 09:12
反馈一下，请大家使用orca6.0版本以上，我更新完，速度提升了四五倍。

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-13 09:15
我还想在咨询一个问题，使用orca计算我固定了部分原子，防止骨架坍塌，这样会不会影响静电势分布，lumohumo轨道。

作者
Author: lemon_electron 时间: 2024-12-13 09:31

zongshu 发表于 2024-12-13 09:15
我还想在咨询一个问题，使用orca计算我固定了部分原子，防止骨架坍塌，这样会不会影响静电势分布，lumohumo ...

看你固定的合不合理了，如果是为了保持单晶结构的骨架构象一般问题不大，如果强行维持一种不合理的构象，lumo homo会受影响

作者
Author: zongshu 时间: 2024-12-13 10:12

lemon_electron 发表于 2024-12-13 09:31
看你固定的合不合理了，如果是为了保持单晶结构的骨架构象一般问题不大，如果强行维持一种不合理的构象， ...

谢谢

作者
Author: snljty2 时间: 2024-12-13 10:24

zongshu 发表于 2024-12-12 12:42
我用的是win版，显示是112个

也就Windows下MSMPI这种（据说是跟MPICh关系很大）会允许这么运行了。如果你用Linux版Open MPI，设置了超过物理核心数，会直接报错，告诉你实际并没有这么多物理核心数。你看到的是逻辑核心数。

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