计算化学公社

标题: 计算MOF-H2的吸附能输入文件咨询 [打印本页]

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Author: honest 时间: 2024-12-11 21:41
标题: 计算MOF-H2的吸附能输入文件咨询
各位老师好，我用CP2K计算MOF对氢气的吸附能。然后我准备先几何优化，优化后用restart文件进行能量计算。对这个过程可能理解不全面，所以想请教一下这样是否合理。
几何优化的设置如下，PBE（这里有没有必要使用PBEsol），DZVP-MOLOPT-SR-GTH，DFT-D，对角化算法（因为原子数接近400了，所以用了OT），CUTOFF 400，REL_CUTOFF 55，用了BFGS，不确定这里该不该使用LBFGS。
请问我现在设置的计算是否适合当前体系？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 21:46
没必要用LBFGS，体系又不算很大

给最关键的H可以用TZ档次的基组。其它没问题

作者
Author: honest 时间: 2024-12-11 22:12

sobereva 发表于 2024-12-11 21:46
没必要用LBFGS，体系又不算很大

给最关键的H可以用TZ档次的基组。其它没问题

谢谢卢老师的回复。

卢老师，在算能量的时候使用TZ档次的基组可以吧。

再就是我是根据GCMC模拟后获得的吸附密度分布图，根据密度分布初步判断的吸附位点，然后我将H2分子放在了对应的位置附近，这个时候需要GFN1-xTB先跑一下吗？然后再进一步进行几何优化？（这个我是参考您沸石吸附甲苯的做法，但是不知道是否适用于我的这个工况）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-11 23:18

honest 发表于 2024-12-11 22:12
谢谢卢老师的回复。

卢老师，在算能量的时候使用TZ档次的基组可以吧。

优化时候也用更好

不需要

作者
Author: honest 时间: 2024-12-12 11:26
本帖最后由 honest 于 2024-12-12 11:27 编辑

sobereva 发表于 2024-12-11 23:18
优化时候也用更好

不需要

卢老师，再次请教一下。在您的指导下。我构建的MOF-H2模型几何优化跑完了，但是结构基本没有什么变化，请问一下这是否正常呢？
另外一个问题就是产生的波函数文件，我想拿来进行IGMH分析，但是波函数文件导入不进去（波函数文件我想上传但是压缩不到指定大小），显示如下：
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-13 01:44

honest 发表于 2024-12-12 11:26
卢老师，再次请教一下。在您的指导下。我构建的MOF-H2模型几何优化跑完了，但是结构基本没有什么变化，请 ...

被吸附分子位置没怎么变化通常都是收敛限太松，或者一开始摆得太远导致受力太小、过早地满足了收敛限

CP2K的.wfn根本就不是一般意义的.wfn文件，别光看后缀想当然
CP2K的波函数给Multiwfn进行分析必须用molden文件，下文明确说了
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

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Author: honest 时间: 2024-12-24 09:21
本帖最后由 honest 于 2024-12-24 09:23 编辑

sobereva 发表于 2024-12-13 01:44
被吸附分子位置没怎么变化通常都是收敛限太松，或者一开始摆得太远导致受力太小、过早地满足了收敛限
...

卢老师，按照您的之前的回复。
我又重新摆放了H2的位置，进行优化，试了几次还是没有收敛。在这次优化的过程中，H的基组采用了TZVP-MOLOPT-GTH-q1，其他元素采用的是DZVP档次。因为已经试了一次优化，还是没有收敛，所以这次优化的时候，我把置信半径改为了0.05，还是没有得到收敛。请问一下，我接下来该怎么尝试呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-24 13:31

honest 发表于 2024-12-24 09:21
卢老师，按照您的之前的回复。
我又重新摆放了H2的位置，进行优化，试了几次还是没有收敛。在这次优化的 ...

对于CP2K的BFGS，几何优化60多步没达到收敛限很正常，只要看到结构还在明显变化就继续跑
用CG往往收敛得更快

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Author: honest 时间: 2024-12-30 10:38

sobereva 发表于 2024-12-24 13:31
对于CP2K的BFGS，几何优化60多步没达到收敛限很正常，只要看到结构还在明显变化就继续跑
用CG往往收敛得 ...

卢老师，在您的建议下，我切换成了CG，最后用了28核，跑了三天，任务结束了。但是energy看起来很震荡，最后才350步的时候看起来才趋于稳定。
请问一下，这个最后优化的结果可以用于下一步的能量计算吗？
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Author: sobereva 时间: 2025-1-1 01:12

honest 发表于 2024-12-30 10:38
卢老师，在您的建议下，我切换成了CG，最后用了28核，跑了三天，任务结束了。但是energy看起来很震荡，最 ...

从最后部分的收敛情况来看没问题。如果几何结构看起来也合理就可以跑后面的任务

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