计算化学公社

标题: 求助关于在lammps中使用colvars模块计算自由能的问题 [打印本页]

作者
Author: 总座高见114514 时间: 2024-12-12 09:55
标题: 求助关于在lammps中使用colvars模块计算自由能的问题
  各位老师们好！我打算用eABF方法计算流体中两个纳米颗粒之间随着距离的自由能变化，但是得到了奇怪的结果。我在用fix colvars下分别运行了0.5ns、0.75ns和1ns，但到的曲线形状和数值都有很大的出入。形状上的变化我认为是我没有运行足够长的时间收敛导致的，但是自由能数值的巨大变化我不知道这是合理的现象还是我的设置出了问题，运行结果还有colvars文件如下所示：
Colvarstrajfrequency 1000
Colvarsrestartfrequency 5000
indexFile non1.ndx
indexFile non2.ndx

colvar {
name d
width 0.20

extendedlagrangian on
extendedFluctuation 0.1
extendedTemp 1600
extendedTimeConstant 200

subtractAppliedForce on

distance {
      group1 {
         indexGroup non1
      }
      group2 {
         indexGroup non2
      }
      forceNoPBC yes
}
lowerBoundary 0.2
upperBoundary 30
}
harmonicWalls {
name mywlls
colvars d
lowerWalls 0.2
upperWalls 30
forceConstant 20
}

abf {
name abf1
colvars d
applyBias yes
fullSamples 200
outputEnergy on
writeCZARwindowFile on
CZARestimator on
}

作者
Author: 总座高见114514 时间: 2024-12-12 09:58
还有一个问题是我不太明白fullsample设置有什么作用的，colvars手册中讲的也不是很清楚，希望可以得到解答！

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-12-12 10:07
fullSample是指在每个bin区间内预先采样多少步才开始施加力。因为平均力的波动会比较大，如果这个值他太小的话模拟初期会有明显的非平衡效应

你这个1ns的结果没什么可看的，起码几十ns以后再讨论自由能计算是否收敛

作者
Author: 总座高见114514 时间: 2024-12-12 10:26

fhh2626 发表于 2024-12-12 10:07
fullSample是指在每个bin区间内预先采样多少步才开始施加力。因为平均力的波动会比较大，如果这个值他太小 ...

感谢付老师的回答！fullsample我现在的理解是如果最终跑到了PMF收敛，fullsample的设置并没有对最终的PMF产生很大影响，其设置只会对初期的模拟有影响对吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-12-12 10:45

总座高见114514 发表于 2024-12-12 10:26
感谢付老师的回答！fullsample我现在的理解是如果最终跑到了PMF收敛，fullsample的设置并没有对最终的PMF ...

是的，设得太小会影响初期的收敛效率

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