计算化学公社

标题: 关于sobtop生成小分子的gro文件的问题 [打印本页]

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-12 11:23
标题: 关于sobtop生成小分子的gro文件的问题
近日学习gromacs跑蛋白-小分子复合物的动力学模拟，发现小分子的拓扑文件生成如按教程非常麻烦，搜到了sob老师建立的sobtop小程序可以方便的生成gro文件。
有个疑问，这样生成的小分子化合物的电荷、成键顺序等，都是没有问题的吧？可以直接粘贴到蛋白的gro文件里形成复合拓扑吗？教程上还挺复杂的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-12 12:51
没问题。前提是认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子和说明看了，免得犯低级错误，诸如没定义原子电荷之类

分清楚gro和拓扑文件，描述得莫名其妙

别上来就说个“教程”，谁知道你说的什么教程
好好看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

我已删除你的不礼貌的回帖。下次你再发帖催我回答，直接封号处理
好好看此文
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79（http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html）

1 问问题时一定要态度谦虚、语言客气、高度尊重提问者。要记住在一对一的请教时，对方完全没有义务回复，人家不是你免费的导师，对方不会因回复而得利，如果回复了则完全是出于好心，应该怀着感激的心情。所以发问应注意措辞、语气。通过电子邮件提问时要有问候和落款。并且一对一提问时千万不能催促对方回复，否则容易惹火对方，记住高人都很忙，也不欠你的情。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-12 14:22

sobereva 发表于 2024-12-12 12:51
没问题。前提是认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子和说明看了，免得犯低级错误，诸如没定义 ...

好的，谢谢SOB老师的指导

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-12 21:08

sobereva 发表于 2024-12-12 12:51
没问题。前提是认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子和说明看了，免得犯低级错误，诸如没定义 ...

sob老师，我想产生蛋白-小分子复合物中的小分子化合物的拓扑结构，目前是按您的教程里的例2进行的，目前进行到产生bond的参数，不懂就选了2，结果出现下面的提示fch文件，请问这该怎么办呢？另外，有没有更直接的产生小分子拓扑的方法，应该参考例几呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-13 01:46

pkuchemistry 发表于 2024-12-12 21:08
sob老师，我想产生蛋白-小分子复合物中的小分子化合物的拓扑结构，目前是按您的教程里的例2进行的，目前 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop讲例子部分一开始就明确说了

注：绝对不要以为什么时候都得像本例这样提供含有Hessian的文件并让Sobtop计算力常数。如果你要对普通有机体系产生拓扑文件，应该效仿的是例2直接用GAFF的参数，那是最省事的。老有人只看了本例，居然连例2都不看就去胡搞！也记得把FAQ10和FAQ11看了，搞清楚什么时候才有必要基于Hessian算力常数。

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-13 12:08

sobereva 发表于 2024-12-13 01:46
http://sobereva.com/soft/Sobtop讲例子部分一开始就明确说了

多谢sob老师，根据您的提示，我用强大的sobtop工具生成了需要的各种文件，走到grompp一步生成离子的tpr文件时候，遇到了很多人遇到的atomtypes报错的问题，经过搜索帖子没有彻底解决，我发了个新帖http://bbs.keinsci.com/thread-50523-1-1.html，请您在百忙之中帮忙回答一下哈，谢谢~

作者
Author: xsc6 时间: 2024-12-13 12:42

pkuchemistry 发表于 2024-12-13 12:08
多谢sob老师，根据您的提示，我用强大的sobtop工具生成了需要的各种文件，走到grompp一步生成离子的tpr文 ...

哥们报个班或者买一份讲义吧，用不多的金钱换取无尽的知识和节省大把的时间是值得的http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-13 12:44

xsc6 发表于 2024-12-13 12:42
哥们报个班或者买一份讲义吧，用不多的金钱换取无尽的知识和节省大把的时间是值得的http://www.keinsci.c ...

看了sob老师截取的PPT还是不太明白，其实就是那么一下。不是不舍得花这个钱，之前有其它软件做MD的基础，GMX确实刚接触，有点小问题，但可能也就是UU们指点一下就解决了，问题属实也不算大。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-14 02:11

pkuchemistry 发表于 2024-12-13 12:44
看了sob老师截取的PPT还是不太明白，其实就是那么一下。不是不舍得花这个钱，之前有其它软件做MD的基础， ...

学过之后你会发现你不懂的远比你想象得多得多

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)