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标题: 求助：merz文献中的离子的lj势能不能添加到charmm力场 [打印本页]

作者
Author: TL131242 时间: 2024-12-12 12:12
标题: 求助：merz文献中的离子的lj势能不能添加到charmm力场
如题，最近使用charmm36力场做蛋白与金属的模拟，但是力场中没有ZR离子的参数，想找文献补充。想问问大家merz文献中的12-6势能不能换算成σ和ε添加到charmm力场。
如果不能是不是需要换其他力场计算，或者添加其他力场例如UFF力场里的金属离子参数？

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Author: sobereva 时间: 2024-12-12 13:03
和AMBER力场完全兼容，若无特殊情况强烈建议用AMBER力场

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Author: TL131242 时间: 2024-12-13 12:09

sobereva 发表于 2024-12-12 13:03
和AMBER力场完全兼容，若无特殊情况强烈建议用AMBER力场

sob老师我需要的两种离子只有charmm里有，merz的文献里也没提及只能用charmm力场。
还有就是想问您一下，在ions，atomtype，ffnonbond文件添加离子参数，其中ffnonbond中有很多关于需要添加离子与元素的参数，例如碳和离子的，氧和离子的，氮和离子的等等总共100多种，这些都需要补充吗，并且我发现后面的有十多个都是不同的σ和ε参数。

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Author: sobereva 时间: 2024-12-14 02:06

TL131242 发表于 2024-12-13 12:09
sob老师我需要的两种离子只有charmm里有，merz的文献里也没提及只能用charmm力场。
还有就是想问您一下 ...

AMBER不直接支持的离子也直接用Merz的就完了

只需要定义原子类型的LJ参数，不同原子类型之间的LJ参数用混合规则自动产生

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