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标题: 使用gmx计算聚合物拉伸的问题 [打印本页]

作者
Author: piggyFLYING 时间: 2024-12-14 12:24
标题: 使用gmx计算聚合物拉伸的问题
尝试通过gmx中的deform参数模拟聚合物的拉伸过程；

在完成NPT后(图1)将参数设置为如下所示以实现Y轴方向拉伸：
pcoupl       = Berendsen
pcoupltype = semiisotropic
tau_p       = 0.5
ref_p          = 1.0 1.0 1.0
compressibility = 0  4.5e-5  0
deform       =0 0.01 0 0 0 0

进行100ps模拟后发现盒子在Y轴确实被拉长，但是盒子里的聚合物链似乎没动(图2)，没有实现图3所示的效果；

我的问题是，对于这样一个Y轴拉伸过程（常温常压），应该如何设置控压参数和deform参数？
谢谢各位老师！！

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                        图1

(, 下载次数 Times of downloads: 5)
                        图2

(, 下载次数 Times of downloads: 5)
                        图3

作者
Author: pal 时间: 2024-12-14 14:02
你这个应该是将聚合物向两端拉，该做SMD

作者
Author: liuxdhs 时间: 2024-12-14 14:12
查看初始box的密度是多少，看看弛豫效果如何。
另外，deform的速率可以适当减小。

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