计算化学公社

标题: 求助，使用python脚本进行配体str文件转prm文件时报编码错误 [打印本页]

---

作者
Author: guoyingjie    时间: 2024-12-15 11:46
标题: 求助，使用python脚本进行配体str文件转prm文件时报编码错误
最近在学习使用gromacs进行分子动力学模拟，在使用python脚本cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py将配体str文件转成prm文件时一直报图中的编码错误，我已经按照教程将脚本文件里的f = open(str_filename, 'r')改为f = open(str_filename, 'r',encoding='utf-8')了，但是还是显示这个报错。
请教各位大佬，还有什么方法可以解决这个问题吗？谢谢

---

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2024-12-15 11:50


是哪个教程说的用GROMACS做分子动力学模拟需要“将配体str文件转成prm文件”？看社长这条评论。

编辑：这帖没有达到预期目的，楼主没回答所看教程的名称而是又在上面链接的楼层中问了一遍。

---

作者
Author: sobereva    时间: 2024-12-16 02:50
GROMACS标准的使用过程中既不牵扯到叫str的东西也不牵扯到叫prm的东西，你去搜GROMACS官方手册也搜不到这种文件。如果某些教程作者自己发明了这些偏门的东西令你搞不明白，且你若非要看这种教程，应当去发邮件问教程作者，其他GROMACS用户没法回答你。极其完整、详细、系统讲授分子动力学模拟知识和GROMACS使用的“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”（http://www.keinsci.com/KGMX）里也从未牵扯到这种脚本和文件，而且根本就不需要非得用。sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生配体的拓扑文件是最佳选择，又普适又方便又极为流行，本论坛里有大量讨论，在本论坛提问时也有人能回答。

我强烈不建议初学者follow某些教程用的一些偏门、绕弯路或是过时的做法去算常规问题（而且很多教程本身也说得不明不白），明明目前有好得多、主流得多的方法。对各种常见问题怎么最好、最顺利地模拟在上述培训里都有充分讲授。

---

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2024-12-16 21:28

sobereva 发表于 2024-12-16 02:50
GROMACS标准的使用过程中既不牵扯到叫str的东西也不牵扯到叫prm的东西，你去搜GROMACS官方手册也搜不到这种 ...

社长，鉴于楼主这样试图用CGenFF却缺失文件的问题多发，我提议在博文http://sobereva.com/266里讲清楚什么文件才是生成拓扑绝对必要的

---

作者
Author: student0618    时间: 2024-12-16 22:08


真要用charmm+cgenff 的话新版本cgenff网站可一键convert to gromacs，下载unzip 后要用的是xxx_gmx.top xxx_gmx.pdb 以及charmm36.ff文件夹内的xxx_ffbonded.itp，修改一下即可使用。

更简单就是用那个从cgenff下载的包里面版本老一点的chamm.ff 处理蛋白，再改一下xxx_gmx.top include 到体系的top吧。

不过这些都不如用Amber+GAFF (gmx 配合sobtop) 省事。我若非要特别原因用charmm都情愿直接用Amber/GAFF的。

---

作者
Author: sobereva    时间: 2024-12-17 02:31

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-16 21:28
社长，鉴于楼主这样试图用CGenFF却缺失文件的问题多发，我提议在博文http://sobereva.com/266里讲清楚什 ...

没特殊情况一律甭用CGenFF就完了，一律用sobtop产生GAFF/GAFF2拓扑文件
至于什么时候也不该用sobtop产生拓扑文件，前两天我给sobtop主页上加了一个FAQ：http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

---

欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)

Powered by Discuz! X3.3