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标题: 金属嵌入的CPP大环前体计算遇到了问题 [打印本页]

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-16 09:49
标题: 金属嵌入的CPP大环前体计算遇到了问题
我算的是一个金属嵌入的CPP大环，输入文件（完整见附件）：
%mem=50GB
%nprocshared=16
%chk=Au-3Fc.chk
# opt freq b3lyp/genecp

报错：
Rotational constants (GHZ):          0.0028417          0.0023575          0.0013984
Basis read from rwf:  (5D, 7F)
Pseudo-potential data read from rwf file.
There are  2982 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are  2799 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
  2799 basis functions,  5619 primitive gaussians,  2982 cartesian basis functions
642 alpha electrons    642 beta electrons
   nuclear repulsion energy    44448.1811253137 Hartrees.
NAtoms=  342 NActive=  342 NUniq=  342 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=  600060 NPrTT= 3356148 LenC2=  187909 LenP2D=  502007.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
NBasis=  2799 RedAO= T EigKep=  4.20D-04  NBF=  2799
NBsUse=  2799 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=  2799
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Initial guess from the checkpoint file:  "Au-3Fc.chk"
B after Tr= -0.000000 0.000000 0.000000
      Rot= 0.999923 0.000559 -0.002881 0.012043 Ang= 1.42 deg.
ExpMin= 1.00D-02 ExpMax= 1.94D+04 ExpMxC= 2.91D+03 IAcc=3 IRadAn=       5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=    5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=       2001
      NFxFlg=          0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
      wScrn=  0.000000 ICntrl=    500 IOpCl=  0 I1Cent= 200000004 NGrid=          0
      NMat0= 1 NMatS0=    1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on          energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  79.

请教一下这个要怎么解决呀

作者
Author: Dempey 时间: 2024-12-16 10:10
从你给出的输出中，并没有看到报错信息。你这个342个原子的体系不适合用Gaussian做DFT计算，况且也只给16个核，根本算不动

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-16 11:04

Dempey 发表于 2024-12-16 10:10
从你给出的输出中，并没有看到报错信息。你这个342个原子的体系不适合用Gaussian做DFT计算，况且也只给16个 ...

感谢回复
请问这个问题多加核能解决吗，大概需要多少个核呀，
我还有一个分子，同样的结构，220个原子，也是同样的问题

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-12-16 11:12
本帖最后由七尺贱于 2024-12-17 14:10 编辑

xcj 发表于 2024-12-16 11:04
感谢回复
请问这个问题多加核能解决吗，大概需要多少个核呀，
我还有一个分子，同样的结构，220个原子 ...

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-16 13:54
好奇一下，这个初始结构是怎么来的呢？为何三个二茂铁部分都是重叠式构象而非交叉式构象，为何有一个二茂铁与另两个取向相反，为何膦配体上的环己基都是扭船式构象而非椅式构象？这种尺寸的体系很可能有多个极小点，几何优化收敛到哪个与初始结构关系密切，必要的话还得先做构象搜索再几何优化。

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-16 14:49

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-16 13:54
好奇一下，这个初始结构是怎么来的呢？为何三个二茂铁部分都是重叠式构象而非交叉式构象，为何有一个二茂铁 ...

感谢回复
初始构象是用chem3D优化的

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-16 14:52

七尺贱发表于 2024-12-16 11:12
**** 本内容被作者隐藏 ****

积分不够，查看不了回复

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-16 15:17

xcj 发表于 2024-12-16 14:49
感谢回复
初始构象是用chem3D优化的

好的，那么我这几个构象的问题怎么回答呢？几何优化完毕打算进一步计算什么？这些细节的影响可大可小但也很容易被评审问到。

直接用chem3D生成的结构未必合理，做DFT优化很可能比较耗时，更不用说振动分析了。

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-16 16:12

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-16 15:17
好的，那么我这几个构象的问题怎么回答呢？几何优化完毕打算进一步计算什么？这些细节的影响可大可小但也 ...

优化出来是什么构象就用的什么构象（纯小白）

也有尝试在gaussview里面用gengjf优化，优化出来的结果有一个二茂铁结构很奇怪，手动在gaussview里面改的，然后又投，还是这个结果
这个分子是一个三聚体，还有一个分子是二聚的结构，反应没有拿到产物，单晶也没养出来，质谱里面这两个物质都有，所以想通过理论计算优化出来结构，凑点工作量

后面继续的话用xtb会不会更合适一点

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-16 16:21

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-16 15:17
好的，那么我这几个构象的问题怎么回答呢？几何优化完毕打算进一步计算什么？这些细节的影响可大可小但也 ...

还有就是二聚体分子的构象是正常的，包括二茂铁和环己烷，反应主要生成的就是二聚体，但是几何优化的时候也遇到了同样的问题
请问有没有解决办法呀

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-12-16 19:52

xcj 发表于 2024-12-16 09:12
优化出来是什么构象就用的什么构象（纯小白）
也有尝试在gaussview里面用gengjf优化，优化出来的结 ...

建议用xtb做一下构象搜索，至少也得做一下动力学退火。
用Chem3D或GaussView画出来什么就是什么，是没法说服审稿人的

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-16 20:01

wzkchem5 发表于 2024-12-16 19:52
建议用xtb做一下构象搜索，至少也得做一下动力学退火。
用Chem3D或GaussView画出来什么就是什么，是没法 ...

好嘞，感谢回复

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-17 05:12
你当前问题本身纯粹是算得慢，而且还不用#P输出更多信息监控计算过程，导致一直被蒙在鼓里

这么大体系，用个很好的机子（起码60核以上）在当前级别愣算能最终算完，但耗时仍极高（好几天甚至一周）。为了降低耗时，建议先用xtb在GFN2-xTB级别做预优化
如果没有很好的计算资源，就别算了，考虑其它模型，或者干脆就用GFN2-xTB等半经验级别的方法做opt freq计算，算单点再用DFT

作者
Author: xcj 时间: 2024-12-17 09:57

sobereva 发表于 2024-12-17 05:12
你当前问题本身纯粹是算得慢，而且还不用#P输出更多信息监控计算过程，导致一直被蒙在鼓里

这么大体系， ...

好嘞，谢谢sob老师

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