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标题: 使用VMD对轨迹（DCD文件）进行RMSD分析的图像问题 [打印本页]
作者
Author: yolo-bike    时间: 2024-12-16 11:52
标题: 使用VMD对轨迹（DCD文件）进行RMSD分析的图像问题
本帖最后由 yolo-bike 于 2024-12-17 09:40 编辑

~使用VMD的RMSD Trajectory Tool生成的图像（Frames为40）
具体操作：
1、加载dcd,psf
2、Ectensions-Analysis-RMSD Trajectory Tool
3、输入protein 勾选noh
ALIGN-RMSD

(, 下载次数 Times of downloads: 3)
~看到别人的论文里面是这样的
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
~VMD自带的RMSD分析X轴是Frame，请问怎么设置X轴是Time，按照时间步长分析？请各位前辈给一些意见






作者
Author: abing    时间: 2024-12-16 17:00
可能是帧数太少了，一帧的时间间隔通常只有几飞秒，文献中显示计算都有几纳秒时间，延长计算时间应该可以实现这个
作者
Author: sobereva    时间: 2024-12-17 05:20
trajectory叫轨迹不叫弹道

认真看下文，把信息交代全面，否则没人能准确回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

不同体系的RMSD曲线没有可比性
作者
Author: yolo-bike    时间: 2024-12-17 09:40
sobereva 发表于 2024-12-17 05:20
trajectory叫轨迹不叫弹道

认真看下文，把信息交代全面，否则没人能准确回答

多谢卢老师提醒，已修改。



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