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标题: gromacs研究电场下液体动力学行为相关问题请教 [打印本页]

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Author: qmlearner 时间: 2024-12-19 16:21
标题: gromacs研究电场下液体动力学行为相关问题请教
本帖最后由 qmlearner 于 2024-12-31 13:25 编辑

请问一下各位老师：

体系为周期性盒子，在z方向上下各有一块石墨烯板，两个石墨烯板之间是多孔材料（模拟期间固定），想在两块石墨烯板之间施加恒定电场，看下液体透过多孔材料的动力学行为，考虑到随着液体的流动，石墨烯板会发生移动，所以z方向加了5 nm真空。

目前.mdp文件中跟电场有关的参数为：

electric-field-z = 0.3 0 0 0

请问下，（1）就加这一个参数正确吗？是否需要加其他的参数？

（2）怎么确定电场被加在了两块石墨烯板之间？

（3）另外，这个模拟是用NPT系宗还是用NVT系宗？

（4）石墨烯板的拓扑是用sobtop参照碳纳米管的例子（例7）生成的，原子电荷都为0，在这个模拟中石墨烯板的拓扑和电荷需要其他的处理吗？

（5）这个模拟不加这两块石墨烯板可行吗？

谢谢！

补充：可能我上面的问题看起来有点儿复杂。我想模拟的是NaCl溶液在电场下透过多孔材料的动力学行为，做了如下的尝试：

参考一篇文献，我建了一个周期性模型，盒子大小为5nm*5nm*10nm，多孔材料位于盒子中间，多孔材料上面的盒子填满0.5M NaCl，下面的盒子填满水分子，然后加电场，发现很多Na+很快就透过多孔材料到达了下面的盒子里，但由于z方向也考虑了周期性，所以有些Cl-跨边界也跑到了下面的盒子里，感觉这样不符合实际情况（这个模拟标为SIM-1）。

所以后面又尝试了用xy周期，即不考虑z方向上的周期性，并且盒子上下加了两面墙，相关参数如下（这个模拟标为SIM-2）：
nwall =2
wall_type =9-3
wall_r_linpot =2
wall_atomtype = CA CA
wall_density=150 150
wall_ewald_zfac=3
ewald_geometry =3dc

发现有Cl-会穿过墙。
另外，加墙之后在与SIM-1相同的电场和模拟时间下并没有Na+透过多孔材料（没加墙时很多Na+透过多孔材料）。

因为没有解决Cl-穿墙的问题，所以又尝试盒子上下各加两块石墨烯板，充当墙（这个模拟标为SIM-3），此时不会有Cl-穿过石墨烯板，但结果和加墙的情况类似，即在与SIM-1相同的电场和模拟时间下没有Na+透过多孔材料。

请问下SIM-1，SIM-2，SIM-3哪个是方法是正确的？

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