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标题: gamess的EDA报错 [打印本页]

作者
Author: 413 时间: 2024-12-19 16:34
标题: gamess的EDA报错
理由mokit从g16的fchk产生了gamess的inp后，手动添加了泛函之类的信息。
报错了，信息如下:
      ECP POTENTIALS
      --------------
*** ERROR *** EXCEEDED INTERNAL ECP STORAGE

EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT 03:30:45 19-DEC-2024
            580000  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
CPU    0: STEP CPU TIME= 12.32 TOTAL CPU TIME=       12.3 (    0.2 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=       13.0 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 95.10%
DDI Process 0: error code 911

意思是inp文件行数太多了？gamess在读入的时候没读全？

$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=EDA ICHARG=0 MULT=1 NOSYM=1 ICUT=11 PP=READ
  MAXIT=200 ISPHER=1 DFTTYP=B3LYP $END
$SYSTEM MWORDS=300 MEMDDI=3000 $END
$SCF DIRSCF=.T. $END
$GUESS GUESS=MOREAD NORB=1616 $END
$LMOEDA EDATYP=GKS MATOM(1)=76,76 MCHARG(1)=0,0 MMULT(1)=1,1 $END
$DATA
GAMESS inp file produced by MOKIT,na=604,nb=604,nif=1616,nbf=1616
C1 1
Cu 29.       9.36859393       21.15864462       2.27023033

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-12-19 16:47
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-12-19 21:29 编辑

你用的是MOKIT的frag_guess_wfn小程序产生的inp文件吗？如果是的话，并不需要“手动添加泛函信息”，自动产生的inp文件通常十分完美，除了内存并没有什么需要修改的地方。

如果你是用fch2inp小程序，而没用frag_guess_wfn，这是不对的，fch2inp只能传1套轨道，而frag_guess_wfn会调用fch2inp至少传5套轨道。

作者
Author: 413 时间: 2024-12-19 21:21

zjxitcc 发表于 2024-12-19 16:47
你用的是MOKIT的frag_guess_wfn小程序产生的inp文件吗？如果是的话，并不需要“手动添加泛函信息”，自动产 ...

我确实没有用frag_guess_wfn，用的是fch2inp。我再试下。
int=nobasistransform nosymm，请问这两个命令就不需要加了是吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-12-19 21:29

413 发表于 2024-12-19 21:21
我确实没有用frag_guess_wfn，用的是fch2inp。我再试下。
int=nobasistransform nosymm，请问这两个命令 ...

frag_guess_wfn调用Gaussian做各个SCF计算时会自动加上nosymm int=nobasistranform

作者
Author: 413 时间: 2024-12-19 21:38
本帖最后由 413 于 2024-12-19 21:51 编辑

zjxitcc 发表于 2024-12-19 21:29
frag_guess_wfn调用Gaussian做各个SCF计算时会自动加上nosymm int=nobasistranform

还想问下在机器上which g09的时候能给出g09的路径：~/soft/g09/g09。

frag_guess_wfn的时候会报找不到g09路径的错误。frag_guess_wfn默认是用g16吗？

ERROR in subroutine get_gau_path: Gaussian is not found in your node/machine.
Please check whether you have installed Gaussian correctly.

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-12-19 21:55

413 发表于 2024-12-19 21:38
还想问下在机器上which g09的时候能给出g09的路径：~/soft/g09/g09。

frag_guess_wfn的时候会报找不到 ...

请按下文检查你的Gaussian环境变量。尤其注意，不要在~/.bashrc中定义GAUSS_EXEDIR，没有必要。
《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://sobereva.com/439

作者
Author: 413 时间: 2024-12-19 22:09
本帖最后由 413 于 2024-12-19 22:23 编辑

zjxitcc 发表于 2024-12-19 21:55
请按下文检查你的Gaussian环境变量。尤其注意，不要在~/.bashrc中定义GAUSS_EXEDIR，没有必要。
《Gauss ...

高斯任务结束后会直接产生gamess的inp是吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-12-20 14:35

413 发表于 2024-12-19 22:09
高斯任务结束后会直接产生gamess的inp是吗？

如果是一个复合物划分成n个片段，frag_guess_wfn会在2n+1次SCF计算后产生GAMESS XEDA的.inp文件，直接可以用xeda提交计算；此外，frag_guess_wfn本身会输出各个片段的电子能量和<S^2>，还有一些提示，有助于用户理解。

作者
Author: 413 时间: 2024-12-24 11:44

zjxitcc 发表于 2024-12-20 14:35
如果是一个复合物划分成n个片段，frag_guess_wfn会在2n+1次SCF计算后产生GAMESS XEDA的.inp文件，直接可 ...

请问在计算005的gjf时报了NBO的错误，程序必须用到NBO吗？有option可以避掉NBO的计算吗？

另外想请教下，001、002、003、004已经算完了，在005的时候报错，前面四个算了很长时间。如果重新算的话，可以直接读取前面四个的波函数吗？001-004的chk自动删除了，只剩了fchk。

******************************Gaussian NBO Version 3.1******************************
         N A T U R A L A T O M I C O R B I T A L A N D
      N A T U R A L B O N D O R B I T A L A N A L Y S I S
******************************Gaussian NBO Version 3.1******************************

   /RESON  / : Allow strongly delocalized NBO set
   /NOBOND / : No two-center NBO search
   /SKIPBO / : Skip NBO transformation step
   /ARCHIVE/ : Write the archive file to LFN 47
   /FILE / : Set to 005-FRAG_STEP_03148

Analyzing the SCF density

Job title: generated by utility frag_guess_wfn of MOKIT

Storage needed: 7905448 in NPA ( 134099472 available)
Zero or negative IZNUC entry?
Error termination

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-12-24 17:21

413 发表于 2024-12-24 11:44
请问在计算005的gjf时报了NBO的错误，程序必须用到NBO吗？有option可以避掉NBO的计算吗？

另外想请教 ...

frag_guess_wfn不会调用任何NBO相关功能。你是在frag_guess_wfn的输入文件gjf里写了什么奇怪的关键词吗

作者
Author: 413 时间: 2024-12-24 17:30
本帖最后由 413 于 2024-12-24 17:33 编辑

zjxitcc 发表于 2024-12-24 17:21
frag_guess_wfn不会调用任何NBO相关功能。你是在frag_guess_wfn的输入文件gjf里写了什么奇怪的关键词吗

没啊，我也没写nbo。我重新算下，frag_guess_wfn支持跳过前4个算过的gjf，直接算第五个吗？

不知道是不是因为昨晚我用同一台机器在另一个文件夹算了另一个小体系的电荷？

这是最初始的gjf
%nprocshared=24
%mem=24GB
%chk=frag.chk
#p pbepbe/genecp scf=(maxcycle=512,xqc) guess(fragment=2)

{gks}

0 1 0 1 0 1
...

这是005-frag.gjf
%chk=005-frag.chk
%mem=24000MB
%nprocshared=24
#p Rpbepbe/chkbasis nosymm int(nobasistransform,ultrafine) scf(xqc,maxcycle=300) 5D 7F guess=read geom=allcheck

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-12-24 17:37
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-12-24 17:39 编辑

413 发表于 2024-12-24 17:30
没啊，我也没写nbo。我重新算下，frag_guess_wfn支持跳过前4个算过的gjf，直接算第五个吗？

不知道是 ...

看不出原因，我只能说frag_guess_wfn不会调用任何NBO相关功能。暂不支持跳过前4个计算第5个。如果相关计算文件不涉密、可以公开的话，可以到gitlab或github上提个issue；如果对计算文件有保密要求，可以打包压缩发到我邮箱njumath@sina.cn

作者
Author: 413 时间: 2024-12-24 17:40

zjxitcc 发表于 2024-12-24 17:37
看不出原因，我只能说frag_guess_wfn不会调用任何NBO相关功能。暂不支持跳过前4个计算第5个。如果输入文 ...

我再重新算下，然后反馈给您。
大概率是因为我昨晚想测试一个小分子的电荷导致的。

作者
Author: 413 时间: 2024-12-28 13:26
本帖最后由 413 于 2024-12-28 14:25 编辑

zjxitcc 发表于 2024-12-24 17:37
看不出原因，我只能说frag_guess_wfn不会调用任何NBO相关功能。暂不支持跳过前4个计算第5个。如果相关计 ...

g09没问题。

我试了https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-3.html给的例子。
g16，算到005的时候一样产生了一个005-template160988.gjf算电荷。原因不明。

5.3.3 GKS-EDA
%mem=32GB
%nprocshared=16
#p UPBE1PBE/gen guess(fragment=2)

{gks}

3 2 3 2 0 1
Ti(fragment=1)    0.00000000    0.00000000    0.00000000
H(fragment=2)    0.00000000    2.68428109    -0.78751709
H(fragment=2)    2.68128062    0.78751744    0.00000000
H(fragment=2)    0.00000000    -2.68428109    0.78751709
H(fragment=2)    0.78751709    0.00000000    -2.68228109
H(fragment=2)    -2.68128062    0.78751744    0.00000000
H(fragment=2)    -0.78751709    0.00000000    2.68228109
O(fragment=2)    0.00000000    2.10100000    0.00000000
H(fragment=2)    0.00000000    2.68428109    0.78751709
O(fragment=2)    0.00000000    0.00000000    2.09900000
H(fragment=2)    0.78751709    0.00000000    2.68228109
O(fragment=2)    0.00000000    0.00000000    -2.09900000
H(fragment=2)    -0.78751709    0.00000000    -2.68228109
O(fragment=2)    2.09800000    0.00000000    0.00000000
H(fragment=2)    2.68128062    -0.78751744    0.00000000
O(fragment=2)    -2.09800000    0.00000000    0.00000000
H(fragment=2)    -2.68128062    -0.78751744    0.00000000
O(fragment=2)    0.00000000    -2.10100000    0.00000000
H(fragment=2)    0.00000000    -2.68428109    -0.78751709

Ti 0
def2TZVP
****
H O 0
def2SVP
****

******************************************
Gaussian 16:  ES64L-G16RevC.01  3-Jul-2019
            28-Dec-2024
******************************************
%nprocshared=1
Will use up to 1 processors via shared memory.
%mem=1GB
%chk=005-template160988.chk
----------------------------------------------------------------------
# chkbasis nosymm int=nobasistransform guess(read,only) geom=allcheck
pop(nboread)
----------------------------------------------------------------------
1/29=7,38=1,172=1/1;
2/12=2,15=1,40=1/2;
3/5=7,6=2,11=9,14=-4,25=1,30=1,60=-1,67=1,89=1,116=-2/1,2,3;
4/5=1/1;
6/7=3,28=1,40=2/1,7;
99/5=2/99;
Structure from the checkpoint file:  "005-template160988.chk"
--------------------------------------------
generated by utility frag_guess_wfn of MOKIT
--------------------------------------------
Charge =  3 Multiplicity = 2
No Z-Matrix found in chk file; cartesian coordinates used.
  Ti--************(ZNuc=0.)                      0.000000000000    0.000000000000    0.000000000000
  H--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    2.684281089233    -0.787517090786
  H--************(ZNuc=0.)                         2.681280617405    0.787517440043    0.000000000000
  H--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    -2.684281089233    0.787517090786
  H--************(ZNuc=0.)                         0.787517090786    0.000000000000    -2.682281090423
  H--************(ZNuc=0.)                      -2.681280617405    0.787517440043    0.000000000000
  H--************(ZNuc=0.)                      -0.787517090786    0.000000000000    2.682281090423
  O--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    2.101000001211    0.000000000000
  H--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    2.684281089233    0.787517090786
  O--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    0.000000000000    2.099000002401
  H--************(ZNuc=0.)                         0.787517090786    0.000000000000    2.682281090423
  O--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    0.000000000000    -2.099000002401
  H--************(ZNuc=0.)                      -0.787517090786    0.000000000000    -2.682281090423
  O--************(ZNuc=0.)                         2.098000000351    0.000000000000    0.000000000000
  H--************(ZNuc=0.)                         2.681280617405    -0.787517440043    0.000000000000
  O--************(ZNuc=0.)                      -2.098000000351    0.000000000000    0.000000000000
  H--************(ZNuc=0.)                      -2.681280617405    -0.787517440043    0.000000000000
  O--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    -2.101000001211    0.000000000000
  H--************(ZNuc=0.)                         0.000000000000    -2.684281089233    -0.787517090786
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