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标题: 请教下这种分子表面图是怎么画的？ [打印本页]

作者
Author: Kikyou 时间: 2024-12-20 20:33
标题: 请教下这种分子表面图是怎么画的？
如图，请教一下各位老师，这种分子可视化图用的是哪个等值面啊，以及用什么软件可以实现这种效果呢？谢谢各位老师！

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-20 22:41
就普通预设molecular surface吧。

主流可视化软件都可以。
VMD representation 选quick surf/surf 等
UCSF ChimeraX/Chimera 直接显示surface
PyMOL S -> surface

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-21 04:16
注意表面图没有唯一的定义方式。楼上提及的都可以画。如果是获得平滑的范德华表面，较严格、常用的定义方式是计算电子密度0.001 a.u.等值面，可以用Multiwfn载入xyz、pdb等结构文件，用主功能5计算准分子密度（promolecular density）的格点数据，导出cube文件，在VMD等程序里显示出等值面。

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