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标题: DNA中间插入小分子的力场选择求助 [打印本页]

作者
Author: zhouchen 时间: 2024-12-23 10:56
标题: DNA中间插入小分子的力场选择求助
大家好，我的体系是一个DNA中间插入小分子，对于这样的体系我在利用分子动力学优化结构的时候，力场采用的是amber14sb_parmbsc1,小分子利用sobtop生成的top文件，力场选择的是GAFF。
请问这样的力场选择有问题吗？发文章的话会被质疑吗？
后续我们希望继续研究DNA与溶剂中的离子相互作用，这时的力场选择amber14sb_parmbsc1还可以吗？还说是需要更新的力场？需要加一个CUFIX的修正吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-23 15:52
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “力场选择” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-23 15:54
没有问题。很标准的力场组合

作者
Author: zhouchen 时间: 2024-12-23 16:15

sobereva 发表于 2024-12-23 15:54
没有问题。很标准的力场组合

谢谢老师

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