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标题: 关于autodock软件使用的一些疑惑 [打印本页]

作者
Author: 1795467706 时间: 2024-12-23 16:09
标题: 关于autodock软件使用的一些疑惑
1.autodock进行分子对接的时候是否可以设置核数？如何设置?
2.进行盲对接时，运行2000个构象是否足够？
3.进行对接时，是否在一个分子与蛋白对接时，dock框没消失，即在对接的时候，可以继续在这一台电脑上对接另一个小分子？

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-23 17:00
1. 看看是哪版本？是Autodock 4, AutoDock Vina, 还是其他人修改过的各种AutoDock...... 原版AutoDock4 只跑单核的。
2. 这问题不够清楚。我了解的AutoDock 及Vina都没有“运行多少构象”这选项？英文原文是什么？而且看体系，不能一概而论。
3. 不明所以，Autodock是 command line 软件，没所谓的dock框。懂得用命令行跑当然可同时跑多个任务。如果是指图型介面AutoDockTools, 大概可以。不过他bug很多而且图介面也占资源。个人如果要用autodock4 的话只会用autodock tools预备文件和分析结果，跑的话自己写脚本分配更便捷。

作者
Author: Serious 时间: 2024-12-24 10:58
稍作补充：
1）用CPU的话，Vina 1.2.5就足够。打分函数能用AD4、Vina等，搜索算法也比AD4好[AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings]。
2）关于盲对接：多种深度学习模型是针对这类任务，例如TankBind、E3Bind和DiffDock等。相比之下，一些经典的对接程序，如Vina，则并非针对盲对接任务而设计。
2.1）对接构象是否足够：很难说多少个构象算足够。暂无盲对接的经验，我的想法是，可以通过计算RMSD对构象进行聚类分析。随着对接构象数量的逐步增加，聚类数目应趋向于某一稳定值？

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