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标题: 在VMD移除溶剂化gro文件的水分子操作后，如何进行能量最小化？ [打印本页]

作者
Author: gromacs11 时间: 2024-12-23 18:12
标题: 在VMD移除溶剂化gro文件的水分子操作后，如何进行能量最小化？
本帖最后由 gromacs11 于 2024-12-25 20:31 编辑

gromcas拟过程中，蛋白质起始结构浸入TIP3P 水分子立方体箱，并且距盒子的边缘至少为 1.0nm 的范围，所有与蛋白质的氧原子距离小于 2.6 Á 的水分子都被移除。采用 steepest descent 方法最小化系统的能量，直至分子系统能量不断最小化，其总势能之差达到 0.001kJ/mol 以下。对于文献中提到的分子动力学模拟流程，我有几个问题，第一，所有与蛋白质的氧原子距离小于 2.6 Á 的水分子都被移除，这个步骤如何实现，以及这一步的目的是什么？第二个问题是在能量最小化时如何实现总势能之差达到 0.001kJ/mol 以下，我在查阅gromacs官方文件似乎没有提到相关的配置参数。以上是我目前存在的问题，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-24 14:25
VMD保存新结构时结合恰当的选择语句，仔细看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: gromacs11 时间: 2024-12-25 20:25
本帖最后由 gromacs11 于 2024-12-25 20:38 编辑

好的，谢谢老师。我想问问在进行溶剂化的gro文件中进行水分子移除操作后，如何进行能量最小化，以及在能量最小化时如何实现总势能之差达到 0.001kJ/mol 以下，我在查阅gromacs官方文件似乎没有提到相关的配置参数。谢谢

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