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标题: openbabel3.0以上版本mol/cdx文件转化为3d结构的问题咨询 [打印本页]

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Author: yzh 时间: 2024-12-24 09:26
标题: openbabel3.0以上版本mol/cdx文件转化为3d结构的问题咨询
openbabel3.0以上的版本在win10和win11测试，将mol/cdx文件转化为3d结构时，出现了问题；而且这个情况在2.4版本没有问题，只有3.0以上才会出现这个问题
命令：obabel 123.mol -O out.pdb --gen3d --minimize --ff
报错：Rigid fragment n1cncnc1 in rigid-fragments.txt has all zero coordinates.
经过测试，发现3.0以上版本的3D结构转换存在问题，反而2.4版本的功能没有问题。
同时为了测试是否系统原因原因，将3.1.1版本安装在CentOS7.9平台后，测试obabel 123.mol -O out.pdb --gen3d --minimize --ff，能够顺利结束。
但是CentOS7.9的平台生产构象时，obabel out.pdb -O trajlinux.xyz --confab --verbose --conf 10000 ；输出的traj.xyz只有一个结构。
在win10和win11平台，obabel out.pdb -O trajwin.xyz --confab --verbose --conf 10000；输出的trazwin.xyz的文件是ok。
咨询一下，如何在一个平台顺利使用obenbable3.1.1。
谢谢！

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