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标题: 能量最小化总是在第19步停止 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2024-12-24 10:21
标题: 能量最小化总是在第19步停止
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这是最小化过程的log文件提示
以下是相关步骤
1、使用chemdraw画化学结构，chem3D保存为mol2
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2、GFN2-xTB几何优化，xtb PPP8-Dex2.xyz --gfn 2 --opt --chrg 0 --uhf 0 --ohess --wfn
3、Multiwfn计算RESP，sobtop生成力场参数基于GAFF
4、搭建盒子，插入药物，填充水,执行最小化
gmx editconf -bt cubic -f P8-D2.gro -o P8-D2_box.gro -c -box 25
gmx insert-molecules -f P8-D2_box.gro -ci P8-D2.gro -nmol 24 -o P8-D2_25.gro
gmx solvate -cp P8-D2_25.gro -c spc216.gro -o P8-D2_25_solv.gro -p P8-D2.top
gmx grompp -f em_cg.mdp -c P8-D2_25_solv.gro -p P8-D2.top -o P8-D2_cg.tpr
gmx mdrun -v deffnm P8-D2_cg -ntomp 6
5、调整etoml 100、500、1000和nstep 5000、10000都在第19步停止

作者
Author: snljty2 时间: 2024-12-24 11:03
停就停呗，动力学能跑起来没有问题就行。如果还要更彻底的能量极小化，得换重新编译的双精度版本Gromacs。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-24 14:41
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：
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