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标题: 求助使用GROMACS模拟溶液中苯分子的聚集现象，跑完后苯分子未发生聚集 [打印本页]

作者
Author: SummerWine 时间: 2024-12-24 10:29
标题: 求助使用GROMACS模拟溶液中苯分子的聚集现象，跑完后苯分子未发生聚集
使用GROMACS模拟溶液中苯分子的聚集现象，使用sobtop生成了拓扑文件，使用Multiwfn计算了RESP电荷，根据网上的资料进行了能量最小化，等温等容、等温等压过程，模拟了20ns，步长为2fs，共10,000,000步。最终得到的结果苯分子没有聚集，不知道是哪个文件出了问题，还请赐教。
参考资料：https://zhuanlan.zhihu.com/p/571601988

所有初始文件在附件中给出

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-24 14:48
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-24 14:51
你的ben.itp里的原子类型都是OPLS-AA的，sobtop直接产生的拓扑文件才不是这样
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子，产生GAFF力场的拓扑文件。别乱用（我没看你发的链接，如果那里有误导的地方，不要盲目效仿。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）真正正确讲怎么计算）

作者
Author: SummerWine 时间: 2024-12-24 15:07

sobereva 发表于 2024-12-24 14:51
你的ben.itp里的原子类型都是OPLS-AA的，sobtop直接产生的拓扑文件才不是这样
仔细看http://sobereva.com/ ...

收到，谢谢老师

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