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标题: 求助-构建高岭石完整边缘结构后使用GROMACS进行MD模拟，如何获得对应的拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: HYUAN 时间: 2024-12-24 10:52
标题: 求助-构建高岭石完整边缘结构后使用GROMACS进行MD模拟，如何获得对应的拓扑文件
求助-构建高岭石边缘结构后使用GROMACS进行MD模拟，如何获得对应的拓扑文件。
老师们好，最近我在做关于高岭石的边缘结构对水分子结冰性能的影响，我首先下载得到了高岭石的cif晶体结构文件，然后在MS软件中将边缘结构使用-OH或-OH2进行补齐，之后将整体高岭石结构在MS的clayff力场进行结构优化，将优化后的结构导出后我打算在GROMACS中进行MD模拟。但是不太清楚这种高岭石晶体结构进行边缘结构补齐之后，如何获得完整的拓扑文件用于GROMACS的MD模拟，我在GROMACS中也打算使用clayff力场。所以想请教下各位老师们，应该通过什么方法获得高岭石边缘完整结构的拓扑文件，此外，还想问一下有没有除了MS软件以外的软件能够用于晶体边缘结构的补齐。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-24 15:11
用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生，里面有产生周期性体系的例子

GaussView可以补

作者
Author: HYUAN 时间: 2024-12-24 15:40

sobereva 发表于 2024-12-24 15:11
用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生，里面有产生周期性体系的例子

GaussView可以补

好的好的谢谢老师，我去试试！

作者
Author: Qing-958 时间: 2025-12-28 14:20
你好，我想请问将“边缘结构使用-OH或-OH2进行补齐”是否是010面切晶胞的结构用-OH或-OH2进行补齐？有什么依据吗，是文献的做法吗，可否提供一下做参考呢？感谢您

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