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标题: 模拟崩溃press scaling more than 1% [打印本页]

作者
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zhangfaxue    时间: 2024-12-24 11:57
标题: 模拟崩溃press scaling more than 1%
模拟体系中是水、一些烷烃分子,使用GROMOS 54 A7 力场 ,先进行了能量最小化然后准备跑一个短时间的NPT让体系先平衡,但是一运行就提示press scaling more than 1%,查看之前的提示发现有the largest distance between excluded atoms is 1994 nm between atom 7747 ,which is larger than the cut-off distance.检查结构发现这两原子结构并未出现异常,本就是一个分子中两个间隔1.994nm距离的原子。
于是按照卢老师给的方法逐一排查,依旧提示如下错误,花费很长时间依旧没有进展,请教各位哪里出了问题?

提示不合理结构进行排查:

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排查方法:
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提示错误:
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相关文件:
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Seyilaxa    时间: 2024-12-24 13:56
能量最小化的时候就有问题,最大受力高达2.0969222e+08,这么高的值不应该忽略直接下一步
建体系是什么方法建的,我感觉中间小分子摆的太密集了。把盒子搞大一些,分子疏松点,在NPT平衡的时候再让盒子自动收缩到合适的大小
作者
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raku    时间: 2024-12-24 14:16
之前遇到过,延长EM时间试试可以不
作者
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zhangfaxue    时间: 2024-12-24 16:28
Seyilaxa 发表于 2024-12-24 13:56
能量最小化的时候就有问题,最大受力高达2.0969222e+08,这么高的值不应该忽略直接下一步
建体系是什么方 ...

多谢!重新建模减少了分子数目过后问题解决了
作者
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zhangfaxue    时间: 2024-12-24 16:28
raku 发表于 2024-12-24 14:16
之前遇到过,延长EM时间试试可以不

之前尝试这个方法过依旧没有解决




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