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标题: 双分子反应复合物优化的初始结构问题 [打印本页]

作者
Author: 11111111m 时间: 2024-12-24 22:46
标题: 双分子反应复合物优化的初始结构问题
各位老师好，我刚刚开始学习化学反应的计算，对于一个双分子反应，我想先优化初始复合物结构，再通过延长断裂键的方式寻找初猜，搜索过渡态，来计算反应能垒。但对于如何构建初始的复合物结构我不是很清楚，想请问两个分子该如何摆放，什么样的相对位置才是合适的有什么判断方法吗。本来想按照两个分子的正负静电势相对的位置来摆放，但发现静电势最大和最小值都不是反应位点，所以很困惑，还请各位老师解答，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-25 08:02
如果你要用二聚体的能量最低结构，用genmer+molclus做二聚体构型搜索，看
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

但能量最低结构往往并不是直接与过渡态相连的结构。这种情况应当先找过渡态，然后再跑IRC、优化末端得到反应复合物结构。过渡态具体是什么样、怎么找，需要结合自己预估的机理反复尝试，并且能用的算法取决于程序。没有统一的答案。

作者
Author: 11111111m 时间: 2025-1-3 14:15

sobereva 发表于 2024-12-25 08:02
如果你要用二聚体的能量最低结构，用genmer+molclus做二聚体构型搜索，看
Molclus FAQ
http://sobereva.c ...

感谢老师的回答，还想请教下通常什么情况下需要对二聚体进行构象搜索呢，比如我计算复合物的结合能时，构象搜索是必须的步骤吗

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-1-3 14:25

11111111m 发表于 2025-1-3 14:15
感谢老师的回答，还想请教下通常什么情况下需要对二聚体进行构象搜索呢，比如我计算复合物的结合能时，构 ...

当你不确定二聚体的构象时就需要做构象搜索。如果你要算结合能，你不确定复合物中的几个分子是怎么结合的，即复合物的构象，那就有必要做构象搜索。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-3 15:46

11111111m 发表于 2025-1-3 14:15
感谢老师的回答，还想请教下通常什么情况下需要对二聚体进行构象搜索呢，比如我计算复合物的结合能时，构 ...

分子复合物叫构型搜索，除非你真的确定同时要考虑里面每个单体的多构象问题，此时必须准确交代清楚

仔细看
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)