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标题: ORCA运行问题 [打印本页]

作者
Author: 化学势 时间: 2017-2-16 23:36
标题: ORCA运行问题
刚刚在ORCA官网上下载了3.0.3版本，传到服务器上解压。
服务器上已经有了openmpi 1.6.5。
于是写了h2o.pbs脚本和输入文件(h2o.xyz、h2o.inp)试试能不能用(见附件)
qsub h2o.pbs出现了如下的错误：
orca_gtoint_mpi: error while loading shared libraries: libmpi_cxx.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
有人说这个错误是由于运行ORCA时没用绝对路径导致的，但是h2o.pbs里运行使用的的确是绝对路径：
time /public/home/jwchen/software/orca_3_0_3_linux_x86-64/orca H2O.inp > H2O.log
同时,~/.bashrc文件中也写了openmpi的路径：
export PATH=$PATH:/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/bin/
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/lib/

我不知道问题可能出在哪？
希望得到各位的帮助，谢谢！
附件中是输入和输出文件

作者
Author: plus 时间: 2017-2-17 08:47
export PATH=/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
这个目录/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/lib，里面有你的库文件吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-2-17 09:02
本帖最后由冰释之川于 2017-2-17 09:55 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 32)
以前也碰到过这个问题，我是把环境变量写进任务提交脚本里后就没问题了。

还有就是楼上所说的，检查你这两个环境变量路径下是否有提示缺失的库文件。

类似的问题解决方案参见http://stackoverflow.com/questions/14769599/mpi-error-loading-shared-libraries

值得注意的是，如果你写进.bashrc文件里，有没有source一下激活设置呢？

作者
Author: 化学势 时间: 2017-2-17 20:51

plus 发表于 2017-2-17 08:47
export PATH=/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/softwa ...

这是 LD_LIBRARY_PATH的文件夹，里边是有libmpi_cxx.so.1的，但是不知道为什么orca找不到

作者
Author: 化学势 时间: 2017-2-17 21:01

冰释之川发表于 2017-2-17 09:02
以前也碰到过这个问题，我是把环境变量写进任务提交脚本里后就没问题了。

还有就是楼上所说的，检查你 ...

我试了将其写入脚本里
(, 下载次数 Times of downloads: 29)
但是还是相同的错误。
楼上的问题，我在openmpi的安装位置找到了libmpi_cxx.so.1文件，但是不知道为什么orca找不到。
这个是学校的服务器，也用了一段时间了，openmpi应该不会出错啊。

作者
Author: plus 时间: 2017-2-17 22:41

化学势发表于 2017-2-17 21:01
我试了将其写入脚本里

但是还是相同的错误。

1.脚本里在运行orca那一行前面输出环境变量检查一下
echo $PATH
echo $LD_LIBRARY_PATH

2.不用脚本提交，进入空的分节点，设置环境变量，直接运行程序，不需要建临时目录
export PATH=xxxxx
export LD_LIBRARY_PATH=xxxx
/xxx/xxxx/orca h2.o.inp >h2o.out

看看是否还有缺少库的错误

作者
Author: wanlichuan 时间: 2020-12-14 15:29
本帖最后由 wanlichuan 于 2020-12-14 16:57 编辑

@化学势请教楼主解决了这个问题没有? 我也遇到了同样的问题，用上面的各种办法都解决不了。以前在相同的操作系统（ubuntu18.04）下用相同的方法安装过很多次ORCA4.2，都没问题。唯独这次在一台新电脑上安装遇到了这个问题。很奇怪。注：库文件是有的，环境变量也写对了，串行计算没问题。在计算化学公社论坛上搜了不少类似的提问，仍然没办法解决。

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