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标题: 求助计算Cu-HHTP电催化实验过程中，混合基组的使用范围 [打印本页]

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Author: 2877321934 时间: 2024-12-25 07:13
标题: 求助计算Cu-HHTP电催化实验过程中，混合基组的使用范围
本帖最后由 2877321934 于 2024-12-25 07:17 编辑

新接了个帮实验组计算电催化过程的课题，目前不考虑使用CP2K或者VASP进行计算，只考虑Gaussian或者ORCA，翻阅了下文献发现如下图的模型是能够充分模拟体系的

(, 下载次数 Times of downloads: 9) 但是该体系较大，计算资源为56核心服务器，较耗时，所以打算使用混合基组将离反应位点较远的原子使用小基组3-21G，如上图，红色箭头所指的位置为反应位点，于是我计划将选中的原子（四个苯环和四个Cu2+）全部使用3-21G，除此之外的原子使用def2svp基组，请问这样处理是合理的吗，小基组计算的部分是否过大。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-25 07:37
你这个体系有高对称性，Gaussian利用对称性在56核机子上算起来没有多贵，你那种做法可以，但没有多大必要

作者
Author: 2877321934 时间: 2024-12-25 07:49

sobereva 发表于 2024-12-25 07:37
你这个体系有高对称性，Gaussian利用对称性在56核机子上算起来没有多贵，你那种做法可以，但没有多大必要

好的，谢谢老师哈

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-1-27 05:58

sobereva 发表于 2024-12-25 07:37
你这个体系有高对称性，Gaussian利用对称性在56核机子上算起来没有多贵，你那种做法可以，但没有多大必要

补充请教老师一个问题，由于这个体系较大，做反应物的复合物构象搜索或者找反应过程过渡态之类的较耗时，能否用一个极度简化的模型来大致确定复合物的可能稳定构象或者过渡态构象，再用到大型的簇模型中去计算呢？，比如先在下图中的模型（由于模型较小容易扭曲，因此除了反应物全部冻结），大致确定反应物与反应位点的结合方式，及反应物复合物和过渡态大致构象，再在大型簇模型中以此为基准摆初猜，请问这样做是合理的吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: LetsQu1t 时间: 2025-1-27 07:37
用简化的小体系做探索性计算是很常见的做法。另外以你的计算资源算这个体系没太大压力。3-21G实在是太小了，能节约的时间其实也有限。建议还是统一使用def2-SVP。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-1-27 11:16

2877321934 发表于 2025-1-27 05:58
补充请教老师一个问题，由于这个体系较大，做反应物的复合物构象搜索或者找反应过程过渡态之类的较耗时， ...

原始结构的羟基毕竟和苯环共轭，在氧化还原中很可能配体也要参与得失电子（所谓non-innocent ligand），简化模型至少也要用类似邻苯二酚的结构才合适，现在这个类似乙二醇的结构太小了。另外如果四个羟基的氢全部电离、结构整体为电中性的话，铜成了四价似乎也有点高。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-27 13:59

2877321934 发表于 2025-1-27 05:58
补充请教老师一个问题，由于这个体系较大，做反应物的复合物构象搜索或者找反应过程过渡态之类的较耗时， ...

你的体系没什么柔性，根本不需要构象搜索
你的简化方式过激了。pi共轭是长程的而不是像sigma键那样定域的，不能截得如此之多，不重要的区域用小基组倒是可以用来节约耗时。

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-1-28 08:48

sobereva 发表于 2025-1-27 13:59
你的体系没什么柔性，根本不需要构象搜索
你的简化方式过激了。pi共轭是长程的而不是像sigma键那样定域 ...

谢谢老师的回复，我主要想做构象搜索的是吸附上去的反应符合物，谢谢指导，打算两边加个苯环当简化模型了。

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-1-28 08:49

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-1-27 11:16
原始结构的羟基毕竟和苯环共轭，在氧化还原中很可能配体也要参与得失电子（所谓non-innocent ligand）， ...

不是电中性，整体电荷设置的-2，谢谢老师的建议，计划采纳。

作者
Author: 2877321934 时间: 2025-1-28 08:49

LetsQu1t 发表于 2025-1-27 07:37
用简化的小体系做探索性计算是很常见的做法。另外以你的计算资源算这个体系没太大压力。3-21G实在是太小了 ...

谢谢回复。

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