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标题: 如何使用Gaussian对小分子进行构象搜索以及得到其Boltzmann分布 [打印本页]

作者
Author: person 时间: 2024-12-25 11:27
标题: 如何使用Gaussian对小分子进行构象搜索以及得到其Boltzmann分布
各位老师好，我想了解一下Gaussian如何获得目标小分子的一个构象的Boltzmann分布，我之前用的基本都是Spartan（纯小白，用的非常的非主流），但是我发现利用Spartan算出的结果有时会报错，并且结果得到的boltzmann分布也只有0.0几，于是想请教一下Gaussian应该如何对分子进行构象分布后计算其boltzmann分布。因为是纯小白，我希望了解一下这整个流程的具体步骤是否正确，我看了一些帖子，这个计算流程是否为先进行Gromacs的构象搜索（这部分的问题是温度应该调节在一个怎样的范围比较合适？）——选则最低的15组结构进行Gaussian的B3LYP/6-31G能量优化——在对得到的能量进行boltzmann分布公式的套用
以下图片就是我用Spartan计算的一个例子，是一个金属铂络合物结合一个硫醇分子，我们想知道其在氘氯中主要的结构情况（如果我有什么说不明白的地方也恳请各位老师批评指正）。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-25 12:05
仔细把这些看了，了解如何以目前最主流的方式做构象搜索：
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: person 时间: 2024-12-25 13:48

sobereva 发表于 2024-12-25 12:05
仔细把这些看了，了解如何以目前最主流的方式做构象搜索：
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.ke ...

好的，谢谢老师，我这就去看

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