计算化学公社

标题: 从findit里得到的晶体，放到高斯中计算是否需要再次优化？ [打印本页]

作者
Author: wrtgcn 时间: 2017-2-17 08:41
标题: 从findit里得到的晶体，放到高斯中计算是否需要再次优化？
我最近在做Bi-O-I材料，参考了文献并从findit里面得到了该晶体，然后截出了一定大小的单位放入高斯想计算一下humo与lumo等性质。但是优化时老是报9999的错误（外层I、O原子补氢情况下）；若是只补O元素的氢原子而不补I原子则stable一直报错。
我想请教各位像这种从晶体里取出某一单元的情况用stable检查是否有意义？（因为其不是分子）
另外由于我的原结构直接来自findit的库，这个结构已经是实际研究出来的准确结构，那么我能否不进行优化而直接计算能量等性质？（calcall都用了还是9999错误，实在没辙了）
初学计算，理解尚浅，希望大家能不吝赐教，在此提前谢过了！

作者
Author: zblxyrz 时间: 2017-2-17 11:43
晶体不能随便截取呀，一般都需要沿着一定的晶面切割，我的经验是如果不符合化学计量数通常就容易不收敛

作者
Author: wrtgcn 时间: 2017-2-17 12:18

zblxyrz 发表于 2017-2-17 11:43
晶体不能随便截取呀，一般都需要沿着一定的晶面切割，我的经验是如果不符合化学计量数通常就容易不收敛

我是按照文献里提到的（0 0 1）方向cleave surface的，但是具体的也不太懂。如果我把断键的地方全补上H原子应该能符合计量数吧？

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2017-2-17 14:49
利用VASP或者Castep进行优化，不要用高斯

作者
Author: wrtgcn 时间: 2017-2-17 14:56

我本是个娃娃发表于 2017-2-17 14:49
利用VASP或者Castep进行优化，不要用高斯

谢谢回答！但是我现在只会使用gaussian，想先用高斯简单的了解一下这个材料的性质，以后有进一步需要的时候再学习vasp。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-17 18:33
不需要优化。真空下优化完了只会更糟，偏离它在晶体中实际状态

不能乱加氢，甚至于乱加还不如不加，反倒令边界电子结构和实际相符得更差

3L说的按照化学计量比去恰当截取这不是加不加氢的事

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2017-2-19 17:26
周期性任务交给高斯简直就是胡闹。
如果想截取晶体结构的一部分，搞成cluster，交给高斯计算倒是行，但是如果胡乱截取晶体也是胡闹。
如果暂时没有精力学习vasp，你还不如用傻瓜式计算软件dmol3呢

作者
Author: wrtgcn 时间: 2017-2-20 08:35
本帖最后由 wrtgcn 于 2017-2-20 08:53 编辑

sobereva 发表于 2017-2-17 18:33
不需要优化。真空下优化完了只会更糟，偏离它在晶体中实际状态

不能乱加氢，甚至于乱加还不如不加，反倒 ...

感谢老师的回答！我在网上看到截取片段需要加氢“封头”，这个补H的过程一般有什么原则吗？另外还想问您一下，这种情况下需要先算stable，还是通常我们计算的时候都不需要考虑stable？

作者
Author: wrtgcn 时间: 2017-2-20 08:39

yjcmwgk 发表于 2017-2-19 17:26
周期性任务交给高斯简直就是胡闹。
如果想截取晶体结构的一部分，搞成cluster，交给高斯计算倒是行，但是 ...

好的，我本来是想先简单了解一下材料的HOMO,LUMO情况。晶体截断后用高斯计算本身是没有意义的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-20 09:36

wrtgcn 发表于 2017-2-20 08:35
感谢老师的回答！我在网上看到截取片段需要加氢“封头”，这个补H的过程一般有什么原则吗？另外还想问您 ...

不是什么情况都是用氢来封的。对于有机体系，截断会把共价键打断，这时候往往用氢、甲基之类来封闭，但是离子晶体就不是这样了，在周围用数值合适的背景电荷来表现周围原子的影响往往更为合理。如果你不确定该怎么做，为保险索性用MS计算一下，有图形界面很简单。

作者
Author: wrtgcn 时间: 2017-2-20 09:47

sobereva 发表于 2017-2-20 09:36
不是什么情况都是用氢来封的。对于有机体系，截断会把共价键打断，这时候往往用氢、甲基之类来封闭，但 ...

好的，谢谢您。

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2020-2-13 20:00

sobereva 发表于 2017-2-17 18:33
不需要优化。真空下优化完了只会更糟，偏离它在晶体中实际状态

不能乱加氢，甚至于乱加还不如不加，反倒 ...

sobereva老师您好，请问可以从晶体数据库得到某种有机化合物的晶体数据，如果想计算这种化合物的前线轨道，静电势或其他性质，还需要在高斯中用某个基组对这种晶体结构进行优化吗？还是不用优化，直接用晶体给出的空间结构算就行？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-14 11:35

jingetiema6112 发表于 2020-2-13 20:00
sobereva老师您好，请问可以从晶体数据库得到某种有机化合物的晶体数据，如果想计算这种化合物的前线轨道 ...

对氢原子优化，重原子保持不动

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2020-2-14 15:20

sobereva 发表于 2020-2-14 11:35
对氢原子优化，重原子保持不动

收到，感谢sobereva老师解答。

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