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标题: 求助，gromacs模拟离子液体性质计算和实验数据相差过大 [打印本页]

作者
Author: zfy524 时间: 2024-12-25 21:18
标题: 求助，gromacs模拟离子液体性质计算和实验数据相差过大
本帖最后由 zfy524 于 2024-12-25 21:22 编辑

各位老师好，我用gromacs模拟了离子液体的密度和静态介电常数，和实验值相差过大。
我的计算步骤是，
1.先用Gaussian（b3lyp/def2tzvp）计算RESP2原子电荷结合sobtop生成top文件
2.用packmol建立盒子100×100×100，阴阳离子各1500个
3.做能量极小化
4.做平衡相
5.做产生相
6.分析数据

但是计算得到[BMIM][PF6]密度为1060.52，论文上实验值为1396；计算得到静态介电常数为4232.26，论文给出数据11.4

请各位老师指导，我的计算有什么地方不妥。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-25 22:05
建议你先尝试重复J. Phys. Chem. B, 119,, 5882 (2015)里面GAFF算离子液体的数据，以便通过对比定位原因

作者
Author: zfy524 时间: 2024-12-28 10:54
本帖最后由 zfy524 于 2024-12-28 11:12 编辑

sobereva 发表于 2024-12-25 22:05
建议你先尝试重复J. Phys. Chem. B, 119,, 5882 (2015)里面GAFF算离子液体的数据，以便通过对比定位原因

谢谢sob老师，
我用您提供的这篇文献中的方法算了一下，结果相差还是很大。
使用gmx current计算出来的epsilon=3270.355469，而用gmx dipoles计算出来的epsilon=3.34749
这两种方法有什么区别呢，dipoles计算出来的更接近文献中的报道11.5。
另外在这篇帖子中的同学也遇到类似的问题：两种计算静态介电常数的方法结果不一致? - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社
他们提到 gmx current 计算得到的 dielectric constant using EH 项与实验值相近，我得出的值为7.0534，这个值是否能用呢?
谢谢sob老师的解答

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