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标题: 势能面扫描时如何修改体系坐标书写方式，达到自己想要的变量正好有被表示的目的？ [打印本页]

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Author: 菲比的洪均 时间: 2024-12-25 22:11
标题: 势能面扫描时如何修改体系坐标书写方式，达到自己想要的变量正好有被表示的目的？
老师在文章详谈使用Gaussian做势能面扫描 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元中的2.2谈到：做刚性扫描比较烦人的一个情况是想扫描的那个坐标在GaussView直接保存的gjf文件没有恰好对应的变量。此时要么想办法修改体系坐标书写方式使得被扫描的坐标能通过某个几何变量表示。在此，我想问一下各位老师，如何修改体系坐标书写方式，才能达到自己想要的变量正好有被表示的目的呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-25 22:18
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “gaussian/势能面扫描” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

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Author: 菲比的洪均 时间: 2024-12-26 08:41
好的，谢谢老师，太着急想解决这个问题了，没有注意看格式要求，下次定会注意的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-26 08:51
很多情况并不好改，至少得结合实际体系来说

很多情况并不需要非得有对应的内坐标。诸如柔性扫描就不需要，二面角刚性扫描可以用下文的gentor产生刚性旋转二面角的多帧xyz文件然后用xyz2QC批量产生单点输入文件、批量执行并批量提取数据
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具：xyz2QC
http://sobereva.com/472（http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.html）

作者
Author: 菲比的洪均 时间: 2024-12-26 09:30

sobereva 发表于 2024-12-26 08:51
很多情况并不好改，至少得结合实际体系来说

很多情况并不需要非得有对应的内坐标。诸如柔性扫描就不需要 ...

感谢老师，我好好学习一下这种方法

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