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标题: 求助，用CCSD(T)计算单点能报错（已解决） [打印本页]
作者
Author: 缠绕指    时间: 2017-2-17 15:57
标题: 求助，用CCSD(T)计算单点能报错（已解决）
本帖最后由 缠绕指 于 2017-2-17 16:38 编辑

已解决，解决方法见3楼。

是用CCSD(T)/def2-TZVPP，加上counterpoise校正，计算一个Au6团簇和N2分子之间的相互作用。
按照ORCA手册上总共计算7个能量，其他6个采用同样设置可以正常计算。
只有计算Au6和N2的基组下N2的能量时总是报错。
输入文件如下：

  1. !CCSD(T) ECP{def2-TZVPP} def2-TZVPP
  2. %pal nprocs 16 end
  3. %maxcore 4096
  4. *xyz 0 1
  5. Au : 6.058755448   -2.656300820    8.674185683
  6. Au : 7.030593005   -3.323662014   11.058675318
  7. Au : 4.564370963   -4.186530712   10.564753842
  8. Au : 4.878998825   -2.073000172    6.362536915
  9. Au : 3.402531499   -3.497410529    8.055696383
  10. Au : 2.085476157   -4.887683447    9.902292308
  11. N  3.099775174   -0.601844040   10.033814635
  12. N  3.632227575   -0.806185237   10.976915652
  13. *
复制代码
报错信息：
  1. --------------------------
  2. SECOND HALF TRANSFORMATION
  3. --------------------------

  5. Formation of (pq|rs)                       ... ok (   168.162 sec)
  6. Integral sorting                           ... [XXXXXX:22375] *** Process received signal ***
  7. [XXXXXX:22375] Signal: Segmentation fault (11)
  8. [XXXXXX:22375] Signal code: Address not mapped (1)
  9. [XXXXXX:22375] Failing at address: 0xffffffffffffff68
  10. [XXXXXX:22375] [ 0] /lib64/libpthread.so.0(+0xf370) [0x7f77ad5b5370]
  11. [XXXXXX:22375] [ 1] /home/XXXXXX/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca_mdci_mpi() [0x10ab151]
  12. [XXXXXX:22375] [ 2] /home/XXXXXX/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca_mdci_mpi() [0xfa725c]
  13. [XXXXXX:22375] [ 3] /home/XXXXXX/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca_mdci_mpi() [0x421810]
  14. [XXXXXX:22375] [ 4] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x7f77acbfcb35]
  15. [XXXXXX:22375] [ 5] /home/XXXXXX/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca_mdci_mpi(_ZNSt8ios_base4InitD1Ev+0x49) [0x41bf49]
  16. [XXXXXX:22375] *** End of error message ***
  17. --------------------------------------------------------------------------
  18. mpirun noticed that process rank 0 with PID 22375 on node XXXXXX exited on signal 11 (Segmentation fault).
  19. --------------------------------------------------------------------------

  21. An error has occured in the MDCI module
  22. CALLING COMMAND: mpirun -np 16  /home/XXXXXX/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca_mdci_mpi N2-ab.mdciinp.tmp
  23. RETURN CODE    : 35584
  24. ABORTING THE RUN
  25. ABORTING THE RUN
复制代码
做了以下尝试，均无效，都是在这一步出错：
取消并行，单线程运行。
分别用4，8，16，20线程运行。
在操作系统分别为CentOS 6.5，CentOS 6.7，CentOS 7.0，用2011、2015版Intel编译器以及CentOS自带的GCC编译器编译openMPI的不同服务器计算。
修改maxcore 参数，分别为2048，3072，4096。
把Au赝原子替换为Pt赝原子。把Au赝原子数量减少到1个。
对整个构型进行平移、旋转，以及微调Au6团簇和N2的相对位置。

但是进行如下更改可以正常计算：
直接计算N2+Au6整个构型的能量，或者计算N原子为赝原子时Au6团簇的能量。
把Au赝原子替换为Cu的赝原子。

Au6、N2基组下N2的能量对于counterpoise校正应该是必须的吧？
请问还有什么可能的解决办法计算出这个的能量？或者有什么曲线救国的方法完成counterpoise校正。

如果有计算条件的朋友也请帮我测试一下是否会重复这个问题。
在!CCSD(T) ECP{def2-TZVPP} def2-TZVPP下，计算整个Au6+N2体系的单点能，双路E5-2670 V2，96G内存的机器，20c并行用时大约需要1个多小时，而跑这个配置文件会在半小时以内报错。

作者
Author: sobereva    时间: 2017-2-17 16:18
Au6、N2基组下N2的能量对于counterpoise校正应该是必须的
把ECP设置去掉看看？本身做这个计算是不需要带赝势的，Au只需要提供赝势基组就够了
作者
Author: 缠绕指    时间: 2017-2-17 16:38
本帖最后由 缠绕指 于 2017-2-17 16:39 编辑
sobereva 发表于 2017-2-17 16:18
Au6、N2基组下N2的能量对于counterpoise校正应该是必须的
把ECP设置去掉看看？本身做这个计算是不需要带赝 ...

已解决，感谢！
改为!CCSD(T) def2-TZVPP就正常了，不到1分钟算完。



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