计算化学公社

标题: VASP跑完AIMD之后，如何绘制同类原子的轨迹密度图？ [打印本页]

作者
Author: PMF 时间: 2024-12-26 11:18
标题: VASP跑完AIMD之后，如何绘制同类原子的轨迹密度图？
如图，就像能够绘制出某电池材料中Na离子的扩散轨迹，请问怎么绘制？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-26 23:28
这是密度分布图（空间分布函数，sdf），和轨迹是两码事
VMD自带的volmap可以产生空间分布函数格点数据，然后可以以等值面方式显示

作者
Author: 王二葛 时间: 2024-12-27 06:08
我们组做过类似的工作。当时用 VMD 画出来的 SDF 太粗糙，我们自己写代码重算的

关键步骤是，把一个点（你这里的一个 Na 例子在一帧的位置）展宽成 Gaussian 分布。于是可以得到 cube 格式的密度，进而载入到 VESTA 中绘制切片密度。最终图片非常好看

作者
Author: PMF 时间: 2024-12-27 10:13

sobereva 发表于 2024-12-26 23:28
这是密度分布图（空间分布函数，sdf），和轨迹是两码事
VMD自带的volmap可以产生空间分布函数格点数据，然 ...

感谢sobereva老师，学到了

作者
Author: PMF 时间: 2024-12-27 10:17

王二葛发表于 2024-12-27 06:08
我们组做过类似的工作。当时用 VMD 画出来的 SDF 太粗糙，我们自己写代码重算的

关键步骤是，把一个点（ ...

感谢大佬，我先去试试

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-27 13:09

王二葛发表于 2024-12-27 06:08
我们组做过类似的工作。当时用 VMD 画出来的 SDF 太粗糙，我们自己写代码重算的

关键步骤是，把一个点（ ...

volmap插件直接就支持展宽成Gaussian函数

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有了sdf格点数据后，可以在VMD里直接显示截面图，也可以放到VESTA、Chemcraft、Multiwfn等里显示成截面图

作者
Author: 王二葛 时间: 2024-12-27 14:46

sobereva 发表于 2024-12-27 13:09
volmap插件直接就支持展宽成Gaussian函数

谢谢 sob，开阔眼界，学到啦！

作者
Author: 乐平 时间: 2024-12-27 15:13
本帖最后由乐平于 2024-12-27 15:22 编辑

sobereva 发表于 2024-12-27 13:09
volmap插件直接就支持展宽成Gaussian函数

请问 volmap 插件是在 VMD 主界面 Extensions ——> Analysis ——> VolMap Tool 吗？

还是说需要自己安装呢？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-27 15:28

乐平发表于 2024-12-27 15:13
请问 volmap 插件在哪里能找到呢？

主窗口菜单的Extensions - Analysis - VolMap Tool可以启动插件，源代码在VMD目录下plugins/noarch/tcl/volmapgui1.1里，介绍见http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/volmapgui/。实际处理是由VMD内置指令volmap做的，此插件不过是把选项做成GUI而已。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-12-27 16:21

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-27 15:28
主窗口菜单的Extensions - Analysis - VolMap Tool可以启动插件，源代码在VMD目录下plugins/noarch/tcl/v ...

谢谢！

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