Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-26 14:35
分子动力学里热浴控温的原理就决定了体系的温度会围绕目标平衡值上下波动而不是一成不变,毕竟固定温度会给 ...
zaq1 发表于 2024-12-26 14:45
好的老师,我上传了输入文件,但是这样的话温度就是一直在变化的了吗,cp2k不能保证体系温度一直不变是吗
zaq1 发表于 2024-12-26 14:45
好的老师,我上传了输入文件,但是这样的话温度就是一直在变化的了吗,cp2k不能保证体系温度一直不变是吗
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-26 15:34
不用叫老师哦……“温度一直在变化”有歧义,每步的瞬时温度涨落和一段时间的平均温度升降是两个不同的意 ...
zaq1 发表于 2024-12-26 15:55
好的,这个模型初始晶胞是斜的,不是正交,应该是我用了不正确的方法把它变为正交的才会变形,现在已改正 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-26 17:03
有些斜的晶胞确实因为角度的数学问题不好改成正交的,是需要点注意。又仔细看了下输入文件,这计算如果用 ...
zaq1 发表于 2024-12-26 17:07
做了几何优化的,但可能由于前期那个结构正交化没做好导致结构优化能量不是最低,对了,请教一下您,怎么 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-26 17:40
其实也没什么特别的,一方面注意SCF收敛精度,另一方面也结合化学常识判断分子取向、配位多面体、键长键 ...
zaq1 发表于 2024-12-26 19:05
好的,主要是不知道换了模型之后温度还会不会像这次跑的那么离谱,我先进行两次优化看一下,两个都是进行 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-26 19:56
“两个”指什么?基底是实验测定的晶体结构截取的话,带真空层单独做一次结构优化能体现表面弛豫或表面重 ...
zaq1 发表于 2024-12-26 21:01
我做的是AIMD模拟,就没做弛豫这部分,首先是对初始晶胞进行优化,结束后进行扩胞切面然后加模拟溶液,这 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-26 22:22
单看这个变胞优化输出文件,只能看出每步SCF收敛和总体受力、位移、压力收敛不错,看不出具体的结构变化 ...
zaq1 发表于 2024-12-27 09:19
所以无论做什么模拟,弛豫都是需要的是嘛,不是加了溶液进行模拟的,是变胞之后加真空层再进行优化,对了 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-27 10:43
第一个问题,是。化学上的理由已经说了,毕竟表面弛豫这点很容易被问到,但是出自论坛上动画头像的陌生网 ...
zaq1 发表于 2024-12-27 10:56
哈哈,好的,还有最后一个小问题,就是我切面后加真空层再进行优化那输出得到的结构后面要怎么和我的溶液 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-27 12:21
真空层不影响建模啊,原来怎么加现在还怎么加呗
区分几何优化和变胞优化,几何优化(任务类型3)不改 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-27 12:21
真空层不影响建模啊,原来怎么加现在还怎么加呗
区分几何优化和变胞优化,几何优化(任务类型3)不改 ...
zaq1 发表于 2024-12-27 21:19
我用的是BFGS方法,我看到说用这个方法的话就必须有四个YES才算cp2k优化收敛,是这样的吗,我看我的都没 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-27 21:43
SCF迭代求解使波函数收敛(参考社长博文http://sobereva.com/665)和优化体系使位移、梯度等判据收敛是两 ...
zaq1 发表于 2024-12-30 09:45
好的,我明白了,但是为什么对12楼那个体系进行扩胞切面加真空层进行几何优化了两天还没有收敛,我看了一 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-30 11:00
和13楼一样,单看优化输出文件只能看出每步SCF收敛有点慢,看不出来具体输入的设置和输出的结构的变化情 ...
zaq1 发表于 2024-12-30 11:10
那怎么可以看出输出结构的变化情况呢,能量现在是这个状态,跑的这种程度可以进行后面的计算了吗
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-30 11:35
用可视化软件加载几何优化输出的-pos-1.xyz来观察呗,和后面做完分子动力学观察轨迹是一个道理。推荐使用 ...
zaq1 发表于 2024-12-30 14:13
观察轨迹文件就是看到原子的位置在轻微改变,原子坐标发生轻微变化,结构也没发生什么奇怪的变形,结构原 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-30 15:49
刚看了下输入文件,才明白为什么计算速度慢了。现在的基底在z轴方向有点太厚了,即使是考虑表面弛豫/表面 ...
zaq1 发表于 2024-12-30 17:14
那我换一下周期性试一下,但是这里的基底厚度是我对初始斜晶胞进行计算正交后的厚度,我用的是MS软件建模 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-30 18:26
软件做正交化是要兼顾三维周期性的,但切表面加真空层以后只剩下二维周期性。当前基底明显可以按平移对称 ...
zaq1 发表于 2024-12-31 09:51
1.切面之后我看是二维周期性了,但再加上真空层又是三维周期性了,后面也改不了
2.划分三层取两层的意思 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-31 13:08
我没用过你说的建模软件,不过把结构载入multiwfn之后可以先参考社长博文http://sobereva.com/610调整一 ...
zaq1 发表于 2024-12-31 13:27
好的我明白了,但是切面加了真空层的模型原本就是三维周期的,用multiwfn即使生成了二维周期计算的输入文 ...
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-31 13:41
你是按http://sobereva.com/587进入创建CP2K输入文件的界面,然后用选项-7设定的XY周期性吗?具体是什么 ...
zaq1 发表于 2024-12-31 18:39
是的,按照-7设定的周期性,但是报错,报错显示如下,Index to radix array not found.
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