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标题: 模拟过程中分子键断开模拟崩溃 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-12-26 20:25
标题: 模拟过程中分子键断开模拟崩溃
使用ATB生成了itp文件然后采用packmol建模，在能量最小化过后发现其中分子键断开，并且能量最小化log文件显示如下：
分子键断开：

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能量最小化不充分：
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然后延长最小化时间以及重复多次能量最小化步骤依旧出现上述提示。
后续进行NPT模拟，出现以下提示并且模拟崩溃：
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请教各位可能是哪里出现问题？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-26 23:21
我没时间具体看文件，这种事无外乎拓扑文件有毛病，或者拓扑文件和结构文件不对应
对于前者的情况，改用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生拓扑文件；对于后者，自己改原子/分子顺序

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-12-27 15:39

sobereva 发表于 2024-12-26 23:21
我没时间具体看文件，这种事无外乎拓扑文件有毛病，或者拓扑文件和结构文件不对应
对于前者的情况，改用ht ...

老师，使用了Sobtop生成itp文件后进行能量最小化依旧出现maximum force很大的情况，重复做了一次然后NPT过程模拟崩溃。但是这次没有断键现象。这还能怎么处理呢？尝试了很多方法都没解决

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-27 20:48

zhangfaxue 发表于 2024-12-27 15:39
老师，使用了Sobtop生成itp文件后进行能量最小化依旧出现maximum force很大的情况，重复做了一次然后NPT ...

贴图方式不对，仔细看置顶的社员必读贴

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8该说的都说了

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