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标题: 用Gaussian计算IRC时，为什么看不见间位芳纶脱质子的过程？ [打印本页]

作者
Author: 发光充电器 时间: 2024-12-26 20:29
标题: 用Gaussian计算IRC时，为什么看不见间位芳纶脱质子的过程？
本帖最后由发光充电器于 2024-12-26 20:38 编辑

我要研究的问题是，间位芳纶的酰胺键中N-H的H原子被脱去后，构象由顺式转变为反式的过程，在隐式溶剂（DMSO）下进行
我通过柔性扫描，初猜TS的结构，设置酰胺二面角为108.28
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我在初猜结构的NH旁加入了OH-离子，想研究OH-离子脱质子（H）生成水，同时顺式转变为反式的过程。
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随后进行TS的结构优化，此时产生了一个水分子，我的目的是看到OH-离子脱质子（H）生成水，同时顺式转变为反式的过程。
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但我试了很多遍，TS中生成水分子后，IRC中只有顺反转变过程，看不见OH-离子夺取NH上H原子的过程。本次实验用的碱为NaOH，我也试过加上Na+进行上述流程，结果问题都是看不见OH-夺取H原子的瞬间，请问我将怎样改进才能看到这个过程。特来求助，烦请各位老师解答。
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作者
Author: wjc404 时间: 2024-12-30 17:45
本帖最后由 wjc404 于 2024-12-30 17:58 编辑

酰胺的NH被脱质子后，N和C的pπ共轭会增强，以旋转二面角的方式翻转难度会大大增加，从共振式便可看出；脱质子后N上有一对不与羰基共轭的孤对，因此多了一种直接翻转方式（会经过N为sp杂化的状态），但因为N为sp杂化时这孤对为100%的p（能量较高），直接翻转也有势垒。所以“脱质子”然后再“翻转”应是分两步而不是协同进行的。
酰胺在翻转到中间状态时，N上的孤对不再与羰基共轭，N上负电荷更集中，NH酸性减弱。故“翻转”再“脱质子”也应是分两步的。

作者
Author: 发光充电器 时间: 2025-1-9 10:31

wjc404 发表于 2024-12-30 17:45
酰胺的NH被脱质子后，N和C的pπ共轭会增强，以旋转二面角的方式翻转难度会大大增加，从共振式便可看出；脱 ...

感谢您的回复，对您的回答我有一些疑问：
1.对于您的回复“因此多了一种翻转方式（会经过N为sp杂化的状态）”，请问N为sp杂化时会生成双键，或是说有生成双键的趋势，请问N是和苯环的C生成了双键还是和羰基的C生成了双键，若是由于这个原因导致的多出来的翻转方式能否再解释一下。
2.“分两步”的意思是否是分成两个IRC文件进行计算，我感觉可能是因为N的计划函数加不够，因此下一步策略是增加极化的级别，比如6-311G（2d,p），甚至（2df，2p），您觉得这是否能在一个输出文件内同时看到“脱质子”与“翻转”两个过程。
再次感谢您的回复，我的问题有些多，如果您有空的话，麻烦您再次为我解答。

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