计算化学公社

标题: 关于隐式溶剂模型的使用 [打印本页]

作者
Author: kevin 时间: 2017-2-18 15:37
标题: 关于隐式溶剂模型的使用
本帖最后由 kevin 于 2017-2-18 15:39 编辑

各位老师，
   关于隐式溶剂模型的用法我有几个疑问，想请各位老师指教一下。
   隐式溶剂环境简单地当成可极化的连续介质来考虑，gaussian里默认的PCM模型自定义是可以设定eps和epsinf，现在有一个体系，比如葡萄糖，固体，直接加热反应，设定利用隐式溶剂模型是否合理，根据文献报道，葡萄糖在423K的介电常数为21.0，那么是否可以用下面的设定计算：
   opt freq b3lyp/6-311+g** scrf=(pcm,solvent=generic,read)  temperature=423
   （空行）
      titile
   （空行）
      0 1
      坐标
   （空行）
      eps=21.0
   或者选一个介电常数接近的溶剂替代，比如乙醇。
   请问哪种方式合适？    针对目前的实验，计算上使用真空或者使用溶剂模型哪种更为合理？

   谢谢老师。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-2-18 16:20
咨询一下，高斯设置温度，会对哪些性质造成影响呢？比如几何构型或者能量或者freq？谢谢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-2-18 16:36

小范范1989 发表于 2017-2-18 16:20
咨询一下，高斯设置温度，会对哪些性质造成影响呢？比如几何构型或者能量或者freq？谢谢

温度是统计量，所有非统计量（单分子性质）都与温度无关，如电子能量、单分子势能面（含势能面上的极小点、振动、等等）都与温度设定无关。统计量如freq输出的热力学量与温度有关。另外做动力学的时候会依据温度设置速度等量的平均值，故也与温度有关

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-2-18 17:42

liyuanhe211 发表于 2017-2-18 16:36
温度是统计量，所有非统计量（单分子性质）都与温度无关，如电子能量、单分子势能面（含势能面上的极小点 ...

嗯，谢谢李老师指点。明白了，谢谢。嘿嘿

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-2-18 18:20

小范范1989 发表于 2017-2-18 17:42
嗯，谢谢李老师指点。明白了，谢谢。嘿嘿

我怎么感觉楼已歪……

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-18 19:03

小范范1989 发表于 2017-2-18 16:20
咨询一下，高斯设置温度，会对哪些性质造成影响呢？比如几何构型或者能量或者freq？谢谢

temperature只影响freq对热力学数据的输出
显然不影响几何结构，因为势能面不依赖于温度

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-18 19:27
你得定义epsinf，虽然这个值用不到，但是不定义的话程序会报错
是否这么用合适也看你打算算什么。如果主要目的是优化结构和得到热力学量倒是可以
由于你当前没考虑溶剂的非极性部分，所以不牵扯借用非极性参数等情况，既然已知葡萄糖的eps，显然比用乙醇溶剂更合适。

PS：算葡萄糖完全用不着带弥散

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-2-18 19:42

sobereva 发表于 2017-2-18 19:03
temperature只影响freq对热力学数据的输出
显然不影响几何结构，因为势能面不依赖于温度

恩，谢谢sob老师。

作者
Author: kevin 时间: 2017-2-18 20:47

sobereva 发表于 2017-2-18 19:27
你得定义epsinf，虽然这个值用不到，但是不定义的话程序会报错
是否这么用合适也看你打算算什么。如果主要 ...

谢谢sob老师，
我想做结构优化，包括反应过渡态，得到热力学参数，然后算算速率常数。这样的计算使用溶剂模型是合适的么？会比直接气相下计算更合理么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-18 21:03

kevin 发表于 2017-2-18 20:47
谢谢sob老师，
我想做结构优化，包括反应过渡态，得到热力学参数，然后算算速率常数。这样的计算使用溶 ...

合适
会

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-2-19 01:18

liyuanhe211 发表于 2017-2-18 16:36
温度是统计量，所有非统计量（单分子性质）都与温度无关，如电子能量、单分子势能面（含势能面上的极小点 ...

多个电子的情形还是可以构成统计的。只有温度不太高，激发能足够大的情况下，电子的能量、自由能等才和温度近似无关，因为此时系统几乎是电子基态贡献。若温度较高或者激发能比较小的话，此时电子的能量和自由能和温度是有关的，尤其是一些heavy fermion的固态系统这样的依赖关系可能会比较明显一些。

不过，实际情况是这样的，大部分的分子基态到激发态的激发能都比较高，所以温度不高的时候，温度对电子的能量影响很小，所以很多程序仅仅只是对振转平进行温度方面的考虑。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)