计算化学公社

标题: 求助，如何计算严重变形后的细胞膜表面积 [打印本页]

作者
Author: 我是厦彼 时间: 2024-12-27 14:42
标题: 求助，如何计算严重变形后的细胞膜表面积
如图所示，我在模拟时通过施加外部压力使膜产生了如下变形，使用的是NVE，请问各位老师在这种情况下如何计算这个膜的表面积呢。。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-27 20:10
gmx sasa或者VMD都可以对特定的部分计算溶剂可及表面积（SASA），形状不限。结果除以2可当做膜面积（但我不确信对周期边界处是怎么考虑的，可以测试，如果发现没考虑周期性，可以把变形时的SASA相对于非变形时的SASA的差值加到非变形时的XY面积上作为变形时的膜面积）

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