公社群聊Q&A整理：2016.10.07 20 ~ 2016.10.11 00 Concate - 计算化学公社

2016.10.07 19:11:52
Q:
老师，您好！/微笑用TDDFT计算荧光光谱时，如何从做S1态优化后导出的log文件中，得到所计算分子的电子云密度？/微笑
A:
如果要S1激发态密度，提取最后一个结构，做单点，用TD out=wfn density关键词，把得到的.wfn文件放到Multiwfn计算密度
别忘了坐标后面空一行写上wfn输出路径
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2016.10.07 19:14:23
Q:
我知道，CIS的相关能贡献非常小，但CID的贡献就大了。我就奇怪，CI方法是算相关能，为什么CIS成了算激发态的方法？@Sobereva
A:
CIS只包含单激发组态，和HF基态行列式完全不混合
Q:
不混合是指 < Y | H | Y0 > H两侧 Y与Y0都是 Ycis
还是指 Ycis = Y0 + sum Yia 中没有 Y0 @Sobereva
如下图
[图片]
A:
看布里渊定理
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2016.10.07 19:43:58
Q:
老师，请问我想算一个反应的吉布斯自由能，涉及到自由电子，请问自由电子的吉布斯自由能怎么算啊？多谢！@Sobereva
A:
看J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3165−3169
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2016.10.07 19:45:21
Q:
老师：您好！做IRC出现如下错误：请问该怎样解决？谢谢！/抱拳[图片]
[图片]
[图片]
老师：您好！做IRC出现如下错误：请问该怎样解决？谢谢！[表情][图片]
[图片]
[图片]
老师:您是说加lqa这个关键词吗？这个感觉好陌生……他的作用是？谢谢
A:
IRC里写LQA
群里老生常谈半周经问题
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2016.10.07 20:08:39
Q:
请教一下各位大神，自旋磁矩大小在高斯的结果中可以显示出来吗？谢谢大家了[emoji][emoji][emoji]
请教一下各位大神，自旋磁矩大小在高斯的结果中可以显示出来吗？谢谢大家了
A:
直接根据单电子数换算一下就得到了
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2016.10.07 20:18:34
Q:
mutual penetration distance 老师手册里没有关于它的文献参考啊，这是老师您提出来的的么？直接信用软件可否？@Sobereva
A:
早就有人提出来
怎么算此文第六节里详细说了，很明显是极为严格的
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
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2016.10.07 21:01:29
Q:
高斯计算指定核数时，指定偶数核数比指定奇数核数要好？
A:
没这说
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2016.10.07 22:08:41
Q:
Sobereva老师，我用gaussview打开fchk文件，然后点results---surfaces----cube actions----new cube-----选择HOMO或者LUMO----ok，就开始计算了，但是出现了The Cube Generator Failed. Check the Job Log window for further informational 是怎么一回事啊
若若问一下在哪里能找到@切嗣耙耙
A:
字号不要超过12
你看轨道用Multiwfn，又方便又快，又不会碰见这种报错
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2016.10.07 22:52:53
Q:
老师:高斯03 是不是不支持lqa，09能算。用03就不可以了，
[图片]
A:
还用g03...
还不加极化
Q:
老师我那边是加了的，没照出来
计算机不够用，所以把高斯03拿来用。[表情]这样03和09就都可以算了……
用03是不是影响很大么？[表情] @Sobereva
A:
一丁点益处都没有
g03本身就比g09慢。不同版本还造成数据没法横向对比。而且同时用两个不可能压榨出CPU更多运算性能。
不是s的是，g03哪支持LQA
老老实实用g09，加LQA。
g03默认GS2根本不会出那种错误，而GS2速度慢得很
Q:
老师:那我之前用03优化的过渡态，现在用09来计算irc误差会不会太大呢？
A:
如果还用原来的级别，IRC能正常跑出来，那就没事。如果跑不出来，就用原先过渡态结构当初猜在g09里重新再搜一下
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2016.10.07 23:41:45
Q:
老师，我想问一下，我vmd中的tcl脚本，变量不会覆盖么？为什么内存消耗会累加？
A:
看你具体怎么写的
如果是用atomselect，会逐渐增加内存占用，除非用$sel delete
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2016.10.08 02:36:01
Q:
老师这是我使用的计算方法[图片]算完后没有虚频可是计算结果总是有一个或两个No出现，老师能不能帮我看一下
[图片]
优化是对的，就频率的时候最终显示这个结果
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2016.10.08 04:22:15
Q:
请教：如何将IR谱画成这样？[图片]，主要是如何标上数字？
能不能将IR的数据提取出来，用画图软件实现？
multiwfn作图的画，需要自己讲图中每个峰的数值PS上。我想将IR的数据提取出来，可以实现吗？
A:
Multiwfn直接就能给出光谱的极大点位置和数值，自行ps上去就完了
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2016.10.08 06:18:01
Q:
请问想算5元环和 6元环的开环和龟裂用什么机组啊
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.10.08 17:51:11
Q:
[图片]
请问一下，计算过程中出现这个部分是什么意思
A:
to Score 碰上SCF难收敛case。用#P省得蒙在鼓里
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2016.10.08 19:09:16
Q:
老师好，我优化的分子中含有铁原子，我怎么选择基组
A:
凡是问用什么基组的时候，不要光说个元素，要说清楚算多大体系、算什么任务、对精度的要求，否则根本没法说。
一般来情况
烂点lanl2DZ
好点lanl2TZ
更好点Lanl2TZ(f)或SDD
Q:
SDD的级别这么高？
需不需要用6-311G**和它匹配？
A:
需
[图片]
Q:
Au和I也可以用SDD吗？
A:
可
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2016.10.08 19:41:46
Q:
我在做电荷密度差的时候说明书里用.wfn文件，我用.out文件行不行
A:
显然不行
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2016.10.08 21:20:41
Q:
[图片][图片]用sobMECP搜索S1-T1交点，我的两个输入这样写对吗？结构用的基态结构
A:
对
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2016.10.08 22:34:55
Q:
老师，能用Multiwfn画自旋密度图吗？
和Gaussview画的有区别吗
A:
能，无区别
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2016.10.08 23:19:24
Q:
老师打扰了就是multiwfn做出来那个TDOS 算带隙时是根据那个虚线HOMO到lumo的差值吗？[图片]
A:
HOMO到LUMO的差值是HOMO-LUMO gap，跟带隙两码事
孤立体系没有带隙的概念
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2016.10.09 01:39:17
Q:
GD3的原文是这篇吗？只需引这篇就可以了吧
A consistent and accurate ab initio parametrization of density functional dispersion correction (DFT-D) for the 94 elements H-Pu
A:
/aini y
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2016.10.09 01:51:00
Q:
没有变化还是4@LiYuanhe
权限 777；cd 到Multiwfn下也运行./multiwfn也不行
A:
确认启动的时候Multiwfn找到了settings.ini。没找到的话程序一启动就会有提示。按照手册2.1.2节里的配置方式肯定能让Multiwfn找到
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2016.10.09 01:54:21
Q:
请问下我用qst2方法寻找过渡态时，出现这样的错误该如何处理呢？[图片]输入为[图片]
之前用了TS，但是自己的导师说要考虑下有没有别的反应路径，考虑下让系统自己产生的方式，说要用QST2试试
A:
这根本无意义
QST2还能比人聪明？尝试不同反应路径应当你自己提供不同过渡态初猜，哪能靠QST2，QST2只能给你一个初猜
改用opt=ts
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2016.10.09 02:03:58
Q:
不好意思，请问gromacs的qm部分是不是不支持并行
是用的ORCA做的qm部分
A:
如果自动产生的ORCA输入文件里没有并行设置而没法并行，自行改源码加上并行设置就完了
Q:
谢谢老师，ORCA源码我应该修改哪些内容
A:
就是加上比如pal4这样的关键词
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2016.10.09 02:09:27
Q:
[图片]对ELF的basin 4 电子密度积分等于2.1，B-M的wiberg bond index 等于1.7，ELF分析的结果貌似应该是单键，wiberg 成键分析貌似是双键，这两个矛盾的时候应该以哪个为准。
A:
键级
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2016.10.09 02:16:55
Q:
好的谢谢sob老师；还有一个问题是：我所做的体系含有离子液体，有阴阳离子，之前优化用B3LYP/6-31G**, 最后用B3LYP/6-31++G**算了个单点（由于当初无知此基组很烂，看了您的博文，加zeta不加弥散）；主要导师非要求这样的基组，现在又说之前的低基组优化和不加弥散结构做反应结果会差很多，现在又让我用加弥散的进行优化结构，懒得跟她争，我该怎么办呢?
A:
你随便拿个体系，用加弥散和不加弥散优化，对比一下得到的几何结构，反驳他就完了
Q:
sob老师，当我把加弥散和不加弥散的结构算出来之后，比较它们的键长，一般差异多大算能接受的，多大差异不能接受呢？（高斯每次计算也有一定的差异）
A:
差0.02埃以下就算挺小了
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2016.10.09 02:16:55
Q:
大家好，有个问题请教，为什么我的软件multiwfn显示不出来图形界面？
A:
有的功能有图形界面，有的没有
诸如主功能0就有图形界面
Q:
点0了
不弹出来轨道图
原来还能弹出来，最近不知道怎么了只是显示轨道能量和gap，不显示图形界面
A:
什么系统？什么multiwfn版本？
[图片]
Q:
win7旗舰版 3.3.9
A:
没碰见过此情况
winXP、7、8、10 64bit都能正常用
Q:
3.3.7也不显示
A:
settings.ini没改过？
Q:
没有
A:
主功能4绘制平面图弹得出来不？
Q:
前一段时间装过系统，然后下载新的软件就不能用了
我试试
显示不出来
A:
那你换机子吧
Q:
是要再装一下系统么
A:
除非isilent设成了1，否则没其他可能性会导致此现象
Q:
isilent在ini里面是么
我去看看
A:
是
Q:
[图片]
会不会是显卡的问题呢？
A:
没什么可能性
Q:
好吧
A:
或者你在安全模式下运行试试，能弹出来的话说明有其它程序碍事
Q:
懂了。老师和java环境有关么
A:
应该没有
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2016.10.09 02:26:25
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
y
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2016.10.09 02:36:26
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
(T)以微扰方式近似考虑了T3激发算符的效果
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2016.10.09 02:36:26
Q:
老师，将chk文件转化为fchk文件，出现下面界面然后怎么进行？麻烦老师了！
[图片]
A:
chk文件有毛病，需要重算
或者chk文件不是本机算的
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2016.10.09 02:42:23
Q:
老师，请问高斯能导入opls力场吗，我曾想用高斯的oniom做qmmm，还有我的体系非常大（几十万原子）如果用高斯的oniom感觉不好去指定qm部分，还有导入坐标文件也不会
感觉导入比较方便的都是小体系
A:
原则上能导入，得自己关键词读入外部参数
几十万原子直接拿高斯oniom很难搞，往往都得简化到几千原子的模型体系
Q:
那我的部分opls力场是自己拟合的，也能导入吗
A:
都一样，就是读入外部参数，无所谓参数是前人拟合的还是你自己弄的
Q:
老师，我的是polymer溶液体系，每个分子都有几百个原子，有几十个分子，加上溶剂，应该怎么简化比较好
A:
那得看具体研究的问题，没法一概而论
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2016.10.09 04:21:12
Q:
老师，高斯我安装的时候在环境变量运行的时候会出现gau-machine权限不够，我在root用户下也是权限不够
这样的错误提示应该怎么样修改呢老师
A:
chmod加可执行权限
Q:
我找到对应文件使用chmod 777 文件名可以运行
老师，我chmod之后运行软件，出现can't allocate memory
A:
%mem设得太大，或者机子当前空余内存不足
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2016.10.09 04:48:29
Q:
[图片]
开源大法好
话说开源的量化程序有哪些
Sob有片子
[图片]
octopus确实小众到不行。。
不过它可以做实时模拟
量化程序是不是几乎每个组都有自己的吧
量化程序是不是几乎每个组都有自己的？
A:
也有的直接在GAMESS-US之类上做修改
Q:
从头写的呢
在gamess上改这个做法不错
比如刘文建老师的BDF
剑
BDF的功能多不
[图片]不知道
A:
据说大刘后来已经不怎么写代码了
Gauss函数版的BDF据说大多都是出自索兵兵之手
Q:
[emoji]西北大学？
A:
貌似是从文振翼那里去北大呆了N年写了高斯函数版BDF，之后又回西北大学了
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2016.10.09 05:00:42
Q:
大家好，求教一个关于PBE和PBE0在高斯里计算的问题。我看了一些介绍，我的理解是PBE是GGA泛函，在Gaussian里用PBEPBE关键词，PBE0是杂化泛函用PBE1PBE关键词，请问我的理解对吗？
A:
y
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2016.10.09 05:02:54
Q:
谢谢，请问PBE1PBE有长程校正的形式吗？
A:
这里提了
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/346
Q:
LC-PBE0 ？
A:
y
Q:
sob老师 LC-wPBE 和 LC-PBE0 有区别的对吧
A:
y
前者近程为0
Q:
但是我好想没搜到 LC-PBE0
[图片]
A:
比如钟成那篇review就有提到
[图片]
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2016.10.09 05:03:08
Q:
我在本群沉默一年撤回了一条消息
我在本群沉默一年撤回了一条消息
娃娃还有229天/阴险
娃娃？
你怎么知道
2017,5,25怎么
唉不说了╮(╯▽╰)╭
过去的事情就让他过去吧
[图片]
li老师还记得日期
到底啥事？。
A:
貌似就是毕业之类
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2016.10.09 05:14:26
Q:
sob 还有一个问题请教：高斯里没法算LC-wPBE下的超极化率（polar关键词），这是要改高斯源文件才能算吗
sob老师
A:
然
与其改它还不如就用比如LC-PBE、LC-BLYP
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2016.10.09 05:16:59
Q:
[图片][图片]请问一下老师，我算一个开壳层的激发态，为什么第一激发态是负值-1924.87nm？
A:
波函数没收敛到基态
[图片]
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2016.10.09 05:25:29
Q:
请教计算Cs的基组，tzvp太小了，QZVP尝试了还是出错，显示这样的结果[图片]
请问有没有人知道这是个什么情况……
A:
明显不是大小的事
NBO对基组很不敏感，显然不可能要求QZ级别才能算
尝试其它基组，SDD、lanl08等，或者全电子基组诸如UGBS（此时需要考虑标量相对论效应）
Q:
SDD也是算不了
A:
除了以上解决方案，亦可换更新的NBO版本
that's all
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2016.10.09 05:33:14
Q:
请问LC-PBE0在G09里关键词是什么？
A:
直接用不了
Q:
/惊恐，请问怎么做？
[表情]，请问怎么做？
[Emoticon]，请问怎么做？
是不是，我可以放弃治疗了？
A:
别用它就完了，可以用比如wB97X之类，在此基础上调w
Q:
我好不容易才发现，PBE1PBE模拟的光谱比较靠谱，加上长程就会好多了，结果………………
A:
一般不如
Q:
求群主指条明路
cam-b3lyp, m06-2x, LC-wpbe全不靠谱
A:
那是调w之前
Q:
冰老师，怎么觉得已经超出我的能力了[Emoticon]
A:
用optDFTw很容易的
Q:
OK，群主和冰老师的意思是，选择wB97X，用optDFTw来优化w？是这样吗？
command line能用来写程序？
A:
y
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2016.10.09 05:38:34
Q:
[图片]请问老师，文献中的轨道上电荷如何求得@Sobereva
A:
用Mulliken做Mulliken或SCPA分析，按照基函数与原子轨道对应关系进行加和获得原子轨道布居数。或者NBO做NPA分析，得到各个轨道上布居数。
Q:
G09使用关键词pop=npa吗，老师
A:
y
Q:
[图片]老师，是这个吗？
A:
不是
这显示的是原子的电荷，不是轨道的
Q:
[图片]是这个吧，老师
A:
y
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2016.10.09 05:41:39
Q:
sob老师，麻烦问您 PM6-D3在g09里的关键词是什么？
A:
PM6D3
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2016.10.09 05:51:26
Q:
[图片]请各位帮忙看看这是类似于什么轨道？
A:
sigma*
Q:
谢谢老师
[图片]那这个可以认为是py轨道吧
A:
y
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2016.10.09 06:02:34
Q:
Gmx做材料的确也还不错吧
如果做表面活性剂，只掌握这一个就可以吧
A:
可以
再加个forcite更好
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2016.10.09 06:10:55
Q:
[图片] Warm_Cloud 分享文件 22:10:55
"habic.ppt" 下载
程序的介绍。
[图片]
给你发了一份
A:
看着像组会ppt
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2016.10.09 06:49:52
Q:
[图片]老师，在溶剂化条件下优化，smd模型这样写可行吗？@Sobereva
A:
不报错就可
Q:
我试了它是报错的，提交不上
A:
看报错
溶剂名按手册里写法写
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2016.10.09 06:59:59
Q:
一直对你们这种编程码程序的佩服得五体投地。。想想自己写过的最多是小脚本，惭愧啊
[图片]
A:
现在折腾这些没准以后GPU编程方便了，都成了徒劳
想当年还费劲巴拉调用3D API来做科学计算
Q:
现在QC 能利用GPU加速吗
A:
能
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2016.10.09 07:01:57
Q:
温度升高，物质的化学反应活性提高是什么原理
A:
原子运动加快
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2016.10.09 07:23:28
Q:
请问SOB 老师，我用#p ccsd(maxcyc=200)/cc-pvtz scf=novaracc int=acc2e=12 geom=connectivity 后比单纯用CCSD/cc-pvtz geom=connectivity 计算速度快乐特别多，加了这些关键词之后是不是计算精度不行啊？
A:
比较具体情况，诸如SCF圈数等
居然能得出这种结论...
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2016.10.09 17:31:47
Q:
[图片]
高斯一运行怎么就变成这样了呢
A:
%chk定义的目录不存在
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2016.10.09 18:09:40
Q:
谢谢！意思是在.bashrc里写上 export multiwfnpath=路径：$multiwfnpath 吗？貌似不行啊
source之后还是提示没找到
A:
export multiwfnpath=路径就完了
你之后echo $multiwfnpath看看是否已经设成功了
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2016.10.09 18:24:12
Q:
老师，我计算的体系里面有二茂铁和钌金属，属于配合物，体系不是太大，有95个原子，该选用什么基组
A:
优化用6-31G*结合lanl2TZ，单点可以更高诸如6-311G** lanl2TZ(f)
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2016.10.09 18:40:44
Q:
请教各位老师，在进行红外谱分析时，如何判定每一个峰所对应的是哪个键或角的作用？还有就是红外谱和振动谱之间是什么关系，他们两个是不是是一个东西？谢谢了
A:
gview里看振动模式动画
红外谱就是振动谱之一
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2016.10.09 18:50:47
Q:
请问高斯可以对分子实加匀场电场吗。
A:
field关键词
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2016.10.09 19:49:40
Q:
[图片]
A:
博宏科睿又往qq邮箱里发？
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2016.10.09 20:16:25
Q:
6-31g**是二重分裂价基，适合搭配Lanl2Tz吗？
A:
没有问题。因为过渡金属数目很少，其影响又大，所以给大点基组合理
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2016.10.09 20:38:59
Q:
老师为什么按0之后轨道图，显示出来一直无响应 win7 旗舰软件是3.4
A:
换机子再试
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2016.10.09 21:05:52
Q:
高斯运行过程中，电脑自己更新重启了，是不是一定要从新算才行呢？还是有其他办法可以继续？
A:
看你算的任务类型
Q:
opt
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.09 22:18:32
Q:
[图片]请问一下，激发态S1优化+频率计算到第九步时出错，最后显示这个，怎么解决呀？
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
按博文例子写
Q:
我大概就是这样算的，之前只做优化没有出错，优化+频率就出错了
A:
明摆着你的关键词和博文很不同
博文的关键词多简单干净
Q:
[图片]
输入的时候就这样
A:
# opt freq TD PBE1PBE/6-311G*
PBE算激发态很烂
这么大基组做优化和振动分析纯属浪费时间
到时候如果还出错，直接取最后优化完的结构做freq任务，甭和一块写
Q:
因为我后面想算里德堡态，是不是用6-311G*
我以为需要用个弥散函数
A:
之后算里德堡态的时候再用aug-cc-pVTZ
你现在优化S1又不可能是里德堡态
Q:
那不同的基组算出来的能量有没有可比性呀
A:
什么没有可比性
优化用小基组，算激发能用大基组，天经地义
----------------------------------------------------
2016.10.09 22:25:49
Q:
大神，麻烦问一个问题，由于老师经费没那么多，他只能买高斯版权但是买不了高斯VIEW,如果他计划用盗版的高斯VIEW，那他在发文章的时候是不是也不能用高斯VIEW生成的图片或者可视化图形？
A:
不说是gview就完了
或者用免费的，诸如VMD
Q:
好的那就推荐他用VMD
那麻烦再问一下这几个可视化软件生成图形的效果是一样的吗？
A:
风格显然不一样，但内容一样
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2016.10.09 22:30:23
Q:
[图片]
[图片]
sob
sob老师请问这是什么原因
[图片]创建.tpr文件的时候出现了这个错误，是我的某些数据库需要升级吗
另外我的gromacs是双精度的，orca的输入文件它也产生了，麻烦请老师指导一下
对了，昨天老师您让我加的关键词pal4我已经加上了
A:
可能orca输入文件格式不对。先自己直接运行一下那个orca输入文件看是否报错
----------------------------------------------------
2016.10.09 22:56:25
Q:
请教一下各位老师，在用Gview查看得到的振动谱是[图片] 频率为778.11位置的值是39.3921，而我用Multiwfn计算的红外谱得到的最大值[图片]中频率为777.5925位置的值是152.7947。这两个值相差这么大，是为什么？
A:
multiwfn里的截图是摩尔吸收系数，对应曲线高度。gview那个是红外强度
Q:
那我能不能在multiwfn中将红外强度也表示出来 @Sobereva
A:
你用选项-1直接就告诉你每个模式的频率和望都
要搞清楚红外谱是怎么通过展宽得到的
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2016.10.10 00:19:57
Q:
老师，，我想请问下如果跑分子动力学，，看一个结构是否稳定主要看的是什么能量，，[图片]是看自由能F还是总能量E（包含热裕能，动能，以及E）的波动情况？？
跟势能应该没什么关系吧
A:
看结构的波动情况
Q:
结构的波动？/
难道一个一个结构导出来看吗
可是MD跑出来的结构少说都有几万个
A:
统计，诸如RMSD
绘制曲线图，或者考察RMSF
----------------------------------------------------
2016.10.10 01:03:46
Q:
EOMCCSD方法计算是怎么计算的这样是出错了吧？[图片]
A:
哪告你出错了
Q:
任务停止了这样是算完了么
A:
没算完
程序bug等原因非正常结束了
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2016.10.10 02:16:34
Q:
Global Dynamic Optimization for Parameter Estimation in Chemical Kinetics,谁能帮我下载这篇文章吗？谢谢，我的电脑下不了
好吧，我也是没办法，真的不是偷懒，百度学术下不了@LiYuanhe
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
文献求助，谢谢！http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cphc.201600209/full
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2015/ra/c5ra22968e#!divAbstract
各位老师：能帮我下载一片文献吗？SCI-hub.io(bz, cc)都下载不了
http://sci-hub.cc/10.1039/C5RA22968E 你胡诌，能下的[图片]
A:
字号不要超过12
你在2015-Dec-13已经求过一次sci-hub能下载的文献了，今日是第二次。再有第三次的话...
你求的也是sci-hub能下的，之前2016-Apr-27也已经求过一次sci-hub能下的了。若有第三次就按严格按群规执行了
Q:
[表情]大博士的严格执行要开始了
A:
群规不是闹着玩儿的
Q:
感觉好久不见了
A:
没个规矩，准保群里天天各种超大彩色字号求文献
Q:
谨遵群规。也感谢大家提供的无私帮助。
话说字体大小还能看出来吗？
为啥我这里字体都一样
A:
气泡模式看不出来
Q:
soga
不用气泡就看出来了
A:
就更不明白那些使用气泡模式的人干嘛还把字号调大，把颜色调花，还有的加下划线、斜体，用隶书之类，强行增加存在感
Q:
还是气泡模式看着舒服
A:
尤其是大字号的人，把输入输出文件里的信息直接一粘，刷屏那叫厉害
Q:
老师不用气泡吗
A:
国际版无气泡模式
Q:
我用的轻聊版
手机qq用的国际版
A:
即便有我也不爱用，显得太随意
----------------------------------------------------
2016.10.10 02:29:08
Q:
[图片]请问这种情况还有其他方法吗
试用过发现不好使
A:
没有
Q:
我算的类富勒烯结构优化出来就是C1对称性为能量低点但是我认为不可能
A:
gview进点群工具放宽tolerance再判断
Q:
[图片]
点symm就会变成Td但是优化出来就是C1
属于您说的那种情况吗？
A:
对称化完了再重新保存输入文件进行优化
不要用弥散函数免得因数值因素破坏对称性
Q:
实在怀疑就用内坐标优化时限制为Td，优化完了做个频率看看Td有没有虚频。
A:
还有用int=ultrafine避免数值因素破坏对称性的可能
----------------------------------------------------
2016.10.10 04:07:05
Q:
老师，请问我激发态S1优化+频率时老出错，分开计算，最后得到的频率有一个虚频，这种情况正常吗？
A:
想办法搞掉虚频
常见问题
Q:
我看您有个帖子，我的理解是在优化过程中，通过关键字使其优化更精确，从而消除虚频，就是说重新优化，是这个意思吗？
A:
y。初始结构用之前最后有虚频的结构就行
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2016.10.10 04:17:48
Q:
老师，你好，我现在想做相的溶解扩散模拟，请问用什么软件比较好
初步打算用第一性原理，但是界面比较难建，计算量也偏大
A:
用什么程序得看具体体系类型
Q:
主要做金属合金中的第二相的溶解
在加入高温和压强影响
A:
金属合金这类不清楚，看类似文献里用什么方式什么程序算的
无非是用lammps之类基于势函数做模拟，或者VASP之类跑从头算动力学
----------------------------------------------------
2016.10.10 04:25:50
Q:
老师，您好!用TDDFT计算荧光光谱时，如何从S1激发态优化的log文件中得到离域程度和稳定性等性质呢？/微笑
A:
直接得不到
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
Q:
老师，意思是间接可得到喽？望老师推荐学习的资料哦[表情]
A:
“离域程度”需要定义得更明确
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2016.10.10 04:32:56
Q:
请问optDFTw在windows下怎么设置环境变量
[图片]是这样吗？
谢谢
为什么我双击optDFTw后，只生成了三个gif文件，没有运算？[图片]
没有，[图片]
A:
按帖子里的说明进行设置，否则直接双击显然算不了
Q:
[图片]是这样吗？
@sob，我是这样设置环境变量的
还需要设置什么，我没发现帖子里设置其他的
A:
你到dos里，能直接用命令行调用g09正常运行个gjf文件就算成功
还得设PATH环境变量，指向g09.exe所在目录
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2016.10.10 05:51:47
Q:
老师，您好！如何从S1激发态优化的log文件中得到键长信息呢？是用chemcraft打开么？
A:
gview打开一量就知道
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2016.10.10 06:16:00
Q:
Gaussian 得到的能量值是体系的电子能量吧？
老板说 Gaussian 的计算结果考虑的 nuclear quantum effect，我觉得应该没有吧……
A:
就是BO近似下电子能量
没考虑
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2016.10.10 06:29:18
Q:
请问老师，internal rotors，external symmetry number指的是什么量呢？是不是物质结构课程里的？
A:
热力学计算里的，结构化学一般不用这说法
前者就是指用转子模型考虑可旋转基团对热力学量贡献，后者就是转动对称数，取决于点群
Q:
谢谢sob老师/可爱。再麻烦问一下这两个参数具体的计算方式可以在哪找到呢？我想具体学习一下
谢谢sob老师[表情]。再麻烦问一下这两个参数具体的计算方式可以在哪找到呢？我想具体学习一下
A:
前者是概念不是参数
后者
[图片]
Q:
老师，前者是不是针对大分子里面一些可旋转基团？@Sobereva
A:
转子模型是和谐振子模型相对的
势垒高用谐振子模型，中等用受阻转子模型，很低可用自由转子模型
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2016.10.10 06:33:47
Q:
请问搭好Gjf文件，用[图片]一刷就会用原子重叠，怎么解决呢？
A:
gview的clean算法不合理
不合理时就甭用
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2016.10.10 07:23:17
Q:
老师，您好！我用TDDFT 计算荧光时，，第二步算线性响应溶剂化的垂直激发时设置nstates=6,结果出来的log文件中第五激发态的振子强度最大，那第三步算发射时输入文件中设置root=5，对吗？/玫瑰
老师，您好！我用TDDFT 计算荧光时，，第二步算线性响应溶剂化的垂直激发时设置nstates=6,结果出来的log文件中第五激发态的振子强度最大，那第三步算发射时输入文件中设置root=5，对吗？[Emoticon]
A:
不是看谁最大
通常都是S1发射，优化S1，除非S1的f=0，才考虑更高态发射
S5发射一般不可能
Q:
可是老师我真的S1的f=0，为什么会有这样的结果啊
A:
kasha规则又不是绝对真理
Q:
那我第三步继续用root=5算吗？
我S2的f也是0
A:
从低到高考虑
从S1一直到最低f非0的都分别优化看看
Q:
那老师算完以后怎么筛选，以什么标准评估哪个是最优的呢？
A:
跟实验荧光光谱对比，判断从哪个态或哪几个态发射
Q:
老师，可是这个结构是师兄猜想的，没法测，分子不存在，还有别的法子吗？真的谢谢老师您了
A:
那你只能同时报告那几个态的荧光发射能，说实际荧光可能来自于这些态的发射
Q:
老师，我还有一个问题，第二步我算激发nstates=6大吗？我可以设小点吗？比如说3或4？
A:
第二步干什么的？
Q:
用TDDFT 计算荧光时，，第二步算线性响应溶剂化的垂直激发/玫瑰
用TDDFT 计算荧光时，，第二步算线性响应溶剂化的垂直激发[表情]
用TDDFT 计算荧光时，，第二步算线性响应溶剂化的垂直激发[Emoticon]
溶剂采用的乙醇
A:
目的何在？
达成目的就够了
Q:
我算这些分子的目的是看一些性质，比如说电子云密度，HOMO,LUMO,稳定性,电离能，半峰宽之间的差异
那老师我现在的步骤和我的目的是不是脱节的？
A:
考察最低n个态，nstates就应比n大至少2
----------------------------------------------------
2016.10.10 17:42:14
Q:
咨询一下，做QMMM计算的时候，文章说：The vibrational frequencies were
obtained by using a numerical two-point displacement method
and the electric polarization of the environment is included.
咨询一下，这句话什么意思？频率怎么求得呢？谢谢指点
A:
用了电子嵌入。当前貌似无解析频率，所以用有限差分算的数值频率
Q:
偶，好的，谢谢sob老师。那这个就是高斯里面写的freq？还是怎么写？
[图片]
A:
freq
----------------------------------------------------
2016.10.10 17:45:32
Q:
大家好，请问像这些量化参数应该怎么求解呢，Multiwfn可以求解的吗？[图片]
A:
看具体怎么定义的，Multiwfn肯定有办法算。
大抵就是算HOMO、LUMO中原子所占的成份
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2016.10.10 17:47:37
Q:
请问势能面scan因为硬盘空间不够，中断了，怎么继续计算？谢谢
A:
[图片]
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2016.10.10 18:02:31
Q:
各位老师，gaussian进行单点能计算出现 ** On entry to DGEMM parameter number 4 had an illegal value这样的错误，加了iop(6/76=8)依然报错，输入命令为：# b3lyp/6-311++G(d,p) pop=(NBOread,hirshfeld,full) iop(6/76=8) test，如何解决呀？多谢
我这个是计算阳离子的单点报错，但是阴离子以及中性的就不报错
A:
弥散函数对NBO毫无意义，对结果几乎没有任何改进，还容易导致各种错误，去掉
----------------------------------------------------
2016.10.10 20:02:00
Q:
sob老师，请问在画LOL的时候，[图片]第5个：define by three points,是什么意思。如何选择三个点？还有，[图片]此图中，我利用Multiwfn画了1-5-10三个原子的LOL，请问是否能把LOL的图在直接显示在该图上，谢谢。
A:
不能，但可以把结构图ps到LOL平面图上
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
三点定义一个平面啊，绘制平面图显然得定义平面
定义的三个点和实际作图平面之间的关系看手册3.5.2节
----------------------------------------------------
2016.10.10 20:27:59
Q:
[图片]sob，我想问一下这个用Multiwfn可以做吗？
A:
具体指哪个图？
Q:
第二个和第三个。
第三个好像就是第二个的一个截面
难道就只是改了显示原子的方式吗[表情]
难道就只是改了显示原子的方式吗[Emoticon]
A:
第三个看具体怎么定义steric
Q:
他写的是VDW surface。感觉不像
A:
前俩就是CYLView直接画的
Q:
哦哦哦
[图片]文章没有提用啥软件得到的第三个图
就只是提到切面用Rh和P的方向
这样看，他吧第二个图叫范德华surface也不恰当哈。
steric是定义了配体和底物直接的作用
A:
第三个图得自己写程序
----------------------------------------------------
2016.10.10 20:39:27
Q:
老师好
我这里有个很久没解决的难题
麻烦哪位大牛给看一下吧。
[图片]
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Using the following non-standard input for PCM:
solventname=C3H6O3
epsinf=1.871
eps=3.807
dis
rep
cav
--- end of non-standard input.
------------------------------------------------------------------------------
Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model : PCM (using non-symmetric T matrix).
Atomic radii : UFF (Universal Force Field).
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation : None.
Solution method : On-the-fly selection.
Cavity type : Scaled VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.100).
Cavity algorithm : GePol (No added spheres)
Default sphere list used, NSphG= 67.
Lebedev-Laikov grids with approx. 5.0 points / Ang**2.
Smoothing algorithm: Karplus/York (Gamma=1.0000).
Polarization charges: spherical gaussians, with
point-specific exponents (IZeta= 3).
Self-potential: point-specific (ISelfS= 7).
Self-field : sphere-specific E.n sum rule (ISelfD= 2).
Solvent : C3H6O3,
Eps = 3.807000
Eps(infinity) = 1.871000
RSolv = 0.000000 Ang.
Molar volume = 0.000000 cm**3/mol
Thermal expansion coefficient = 0.000000 K**-1
Absolute temperature = 298.150000 K
Numeral density = 0.000000 Ang**-3
Hydrogen bond acidity = 0.000000
Hydrogen bond basicity = 0.000000
Surface tension at interface = 0.000000 (cal/mol)*Ang**-2
Carbon aromaticity = 0.000000
Electronegative halogenicity = 0.000000
------------------------------------------------------------------------------
GePol: Number of generator spheres = 67
GePol: Total number of spheres = 67
GePol: Number of exposed spheres = 66 ( 98.51%)
GePol: Number of points = 4435
GePol: Average weight of points = 0.13
GePol: Minimum weight of points = 0.20D-09
GePol: Maximum weight of points = 0.20577
GePol: Number of points with low weight = 337
GePol: Fraction of low-weight points (<1% of avg) = 7.60%
GePol: Cavity surface area = 568.157 Ang**2
GePol: Cavity volume = 708.151 Ang**3
Warning! Inconsistent VMol and RSolv for this solvent, using VMol= 0.00 Ang**3.
DisRep: Neglecting contributions from atom 1 of solute.
IA out of range in NElPar.
Error termination via Lnk1e in /home/zhaoyu/g09D01/g09/l301.exe at Mon Oct 10 11:21:30 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 7.4 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 378 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 2
坐标我没给出来
我想算溶剂化自由能
这个溶剂高斯列表里没有，我自定义的】
[表情]
[Emoticon]
不好意思
我怕你们看不清楚我的我的我问题再哪里
[图片]
A:
甭写generic，solvent设一个自带的与当前特征最相近的溶剂
否则你又要计算非极性贡献，又不定义非极性计算需要的参数，先让会报错
甭写generic，solvent设一个自带的与当前特征最相近的溶剂
否则你又要计算非极性贡献，又不定义非极性计算需要的参数，显然会报错
Q:
拜托了
老师，我没找到与这个溶剂特征相近的，在高斯列表里找一个静态介电常数与它相近可以吗？
老师，我定义了动态和静态介电常数，它们不是分别对应溶剂的非极性和极性贡献吗
A:
听谁说的？
静电势与平均局部离子化能综述合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.10 20:47:21
Q:
sob老师，您好，我想使用gaussian计算一下四环素分子的静电势（MEP），请问您有没有什么相应的教程或者博文供参考。谢谢sob老师~
A:
看你具体怎么计算。光说个函数没用，不同考查方式操作流程完全不同
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2016.10.10 20:55:53
Q:
[图片]老师，您好！上面是前几天您告我的得到电子云密度的方法，转化为输入文件，我这样写对吗？老师真的每次请教你问题前，有过自己思考和查资料，可是我愚笨，还望老师您指导，谢谢老师！[图片]
A:
#P B3LYP/6-311G* TD out=wfn density scrf=solvent=ethanol
[其它信息]
c:\ltwd\test.wfn
Q:
%NPROCSHARED=1
%mem=1400 老师，不用写这些吗？
A:
该怎么写就怎么写
----------------------------------------------------
2016.10.10 21:50:20
Q:
老师，我用multiwfn载入fch文件查看红外光谱，出现闪退的情况是什么原因啊
A:
根本就不能用.fch作为此任务的输入文件
手册里和博文里从来没说能这么干
fch里哪有光谱信息
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.10.10 21:51:17
Q:
[图片]
[图片]
A:
用opt=ts
Q:
可是我是想用qst2找过渡态，关键词不是qst2吗？还是？
A:
非用恶心的QST2干嘛
Q:
因为这个中间体不是很好设计，之前设计都失败了……所以想用qst2 算一下，希望能得到一个初始猜测，然后再用其他方法……[表情]
因为这个中间体不是很好设计，之前设计都失败了……所以想用qst2 算一下，希望能得到一个初始猜测，然后再用其他方法……[Emoticon]
A:
QST2没你想得那么聪明
Q:
老师:您好！这个是我用qst2找过渡态的输入和输出文件，不知怎么出错了他说旧的坐标不收敛，可是我的反应物和产物都是优化好的……请问是怎么回事呢？谢谢
A:
输出不了
----------------------------------------------------
2016.10.10 21:51:17
Q:
老师：您好！请问高斯view中的[图片]偶极子导数单位向量，表示的意义是？这个和我们说的偶极矩的方向的区别是？谢谢
A:
不用管它
----------------------------------------------------
2016.10.10 22:02:01
Q:
请问VASP是什么语言写的 fortran吗？
A:
fortran
----------------------------------------------------
2016.10.10 22:36:52
Q:
NAMD跑动力学之后，我想求疏水性和亲水性的SASA，想问一下，这个怎么求呢？
A:
可用VMD命令行
set protein [atomselect top "protein"]
set phob [atomselect top "hydrophobic"]
set phil [atomselect top "not hydrophobic"]
measure sasa 1.4 $protein -restrict $phob 获得蛋白疏水部分的SASA
measure sasa 1.4 $protein -restrict $phil 获得蛋白亲水部分的SASA
这样得到的两部分结果相加等于measure sasa 1.4 $protein
----------------------------------------------------
2016.10.10 22:57:21
Q:
------
A:
也可能你的能量范围设得太小
----------------------------------------------------
2016.10.10 22:57:21
Q:
大家好，哪个软件模拟一个周期性的聚合物和小分子的弱相互作用比较常用也比较好用啊
A:
分子力学层面，gromacs、tinker、forcite、amber等都可以
量化层面，Gaussian、ORCA、DMol3等等都可以
Q:
谢谢 Gaussian处理周期性体系效率怎么样呢
ORCA处理的精度怎么样呢
A:
高斯截取有限长度当孤立体系考察
没有精度怎么样这说，取决于你用什么计算级别
Q:
恩我对Guassian截取处理聚乙烯这样的聚合物和其他的小分子相互作用有点困惑怕万一孤立体系的重复个数选的不好会不会很影响结果呢
A:
考察一下收敛性就完了，随长度变化相互作用能怎么变
----------------------------------------------------
2016.10.10 22:58:58
Q:
[图片] 老师打扰了我用multiwfn做的dos图，就是怎么和文献中那样峰比较密集，是不是需要在multiwfn调节其步长呢？[图片]
A:
和体系有关
也可能FWHM太大，设小点再试
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2016.10.10 23:24:14
Q:
各位老师，请问怎么用Multiwfn计算输出NPA电荷？多谢@Sobereva
A:
用pop=NPA关键词
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2016.10.10 23:34:17
Q:
[图片] 老师我在优化S1时做频率分析，会出现很大的虚频，我考虑是基态分子对称引起的，但我稍稍调整对称性，结构优化就会出错，该怎么解决呀
A:
具体报错具体分析
----------------------------------------------------

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