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标题: 求助：GMX生成蛋白拓扑文件在VMD视图中最后一个氨基酸显示的是残基形式，有影响吗？ [打印本页]

作者
Author: chenbao2333 时间: 2024-12-28 14:36
标题: 求助：GMX生成蛋白拓扑文件在VMD视图中最后一个氨基酸显示的是残基形式，有影响吗？
本帖最后由 chenbao2333 于 2024-12-28 14:48 编辑

在用gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top指令生成蛋白质拓扑文件后，用VMD检查生成的拓扑文件的时候，发现最后一个氨基酸是残基形式展示的，且看着像断开了一样，如果用pymol打开则没有这情况，请问这是我VMD显示设置的问题，还是生成拓扑文件的问题呢，这种情况影响后续计算吗？万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-28 14:51
用CPK方式显示，看看是否因为键长偏长导致VMD没有自动判断出成键，进而无法识别二级结构。参考下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

如果CPK方式显示看起来没明显问题，不影响之后的计算

VMD并没法直接载入gromacs的拓扑文件、没法靠VMD检查拓扑文件。注意描述的准确性

作者
Author: k64_cc 时间: 2024-12-28 14:55
ACE、NME、带电封端这些氨基酸不是标准氨基酸，有的可视化软件不认为它是protein，不影响实际计算。
PDB Bank他们用的mol*在显示cartoon的时候也不认带电封端。

作者
Author: chenbao2333 时间: 2024-12-28 15:02

sobereva 发表于 2024-12-28 14:51
用CPK方式显示，看看是否因为键长偏长导致VMD没有自动判断出成键，进而无法识别二级结构。参考下文
谈谈VM ...

感谢老师指导，另外能请教下在设盒子的时候，这种有长尾巴的蛋白有推荐的吗？按照3ATL里的cubic设置时候合适？

作者
Author: chenbao2333 时间: 2024-12-28 15:03

k64_cc 发表于 2024-12-28 14:55
ACE、NME、带电封端这些氨基酸不是标准氨基酸，有的可视化软件不认为它是protein，不影响实际计算。
PDB B ...

感谢老师指导

好人一生平安

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-28 15:06

chenbao2333 发表于 2024-12-28 15:02
感谢老师指导，另外能请教下在设盒子的时候，这种有长尾巴的蛋白有推荐的吗？按照3ATL里的cubic设置时候 ...

如果确保不会整体旋转，如开了消平动，构象也不会大幅变化，用矩形盒子就行

作者
Author: chenbao2333 时间: 2024-12-28 15:07

sobereva 发表于 2024-12-28 15:06
如果确保不会整体旋转，如开了消平动，构象也不会大幅变化，用矩形盒子就行

收到，感谢老师的及时回复及耐心解答

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