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标题: 元动力学模拟加快自由能面收敛的策略问题 [打印本页]

作者
Author: ljh123 时间: 2024-12-28 15:09
标题: 元动力学模拟加快自由能面收敛的策略问题
元动力学模拟收敛需要的时间较长，特别是在进行二维元动力学模拟的时候。我设置的两个CV（两原子距离）在无偏动力学模拟的波动范围在0.1左右，但是当我设置高斯峰宽为0.05、0.1时，收敛都较慢。请问下各位，我能否先设置高斯峰宽为0.5，等自由能面快收敛时，再把高斯峰宽设置为0.1或者0.05继续跑到收敛呢？这样能不能再原本高斯峰宽为0.5的基础上补充自由能面的细节？

作者
Author: Njr. 时间: 2024-12-28 22:12
同学你好可以看一下你的输入文件吗我也在学这方面学不懂呜呜呜

作者
Author: ljh123 时间: 2024-12-28 22:32
本帖最后由 ljh123 于 2024-12-28 22:33 编辑

@Njr. 我用的是plumed
METAD ...
  LABEL=metad
  ARG=d1       # Use the two collective variables defined above
  PACE=50          # Add a Gaussian every $ steps
  HEIGHT=1       # Initial height of Gaussian hills in kJ/mol
  SIGMA=0.5 # Width of Gaussian hills in both CV directions,如果有两个CV就逗号隔开
  BIASFACTOR=10    # Bias factor for Well-Tempered Metadynamics
  TEMP=298.15
  FILE=HILLS
GRID_MIN=1
GRID_MAX=4
... METAD

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