计算化学公社

标题: 求助对动力学输出轨迹的每一帧进行结构优化问题 [打印本页]

作者
Author: learn-GAUSSIAN 时间: 2024-12-28 15:15
标题: 求助对动力学输出轨迹的每一帧进行结构优化问题
各位大神好！最近科研遇到问题，我用CP2K程序进行第一性原理分子动力学模拟，输出文件得到了200帧的.xyz轨迹文件，文件中包含了每一帧的原子坐标。求问大家，我现在想对每一帧的结构进行优化处理，如果一个一个去交任务实在繁琐。怎样能使用一个脚本或者输入文件把.xyz文件中的每一帧都进行结构优化？还望不吝赐教！

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-28 15:38
确定要对每一帧都结构优化么？如果分子动力学步长不太大、各帧结构差异小，每一帧都优化会产生很多相似结构，需要归簇去重的后处理，思想可以参考社长开发的molclus里的isostat（见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html，但目前是用于处理孤立体系而非周期性体系的）。

上次也有个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-49454-1-1.html提出类似问题，可以按我在那帖二楼说的将轨迹文件分隔产生各帧结构，然后利用社长博文http://sobereva.com/612的方法批量调用multiwfn对各帧产生结构优化的输入文件，再批量计算。虽然那帖后面提到&REFTRAJ也可以读取轨迹，但没法做结构优化只能计算各帧能量和/或受力。

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