计算化学公社

标题: 求助：课题组想买服务器，请教大家给点意见 [打印本页]

作者
Author: wannil 时间: 2024-12-30 09:07
标题: 求助：课题组想买服务器，请教大家给点意见
最近我们组联合其他组准备申请建立一个计算平台，能够满足两个课题组用，预算大概50到60万，类似于整一个微型的超算系统，可以做量子化学计算，可以挖掘微生物的数据，并且有gpu加速，可以做分子动力学模拟。
我想请教大家：我们买单台的还是买集群的更好？有没有推荐的配置？感谢！！

作者
Author: abin 时间: 2024-12-30 10:00
倾向于Intel平台呢,
可以采用
8581C双路做CPU计算节点;
8581C双路+4个4090D 或者 8581C单颗+2个4090D做为GPU节点.

倾向于AMD/Zen4呢, 可以采用9654,
或新一代的9755做CPU节点;
9575F+4090D作为GPU节点.

鄙人不懂价格, 请根据实际价格合理调整机器数量.

每台额外安装一个 4TB NVMe固态作为I/O空间.

如果想实现多机器(多节点)并行计算, 建议配置IB网络.
IB网络, 至少需要准备5万左右的预算.

以上仅仅是一个大概.

关于中小规模集群架构讨论, 可以参考
https://labitc.top
https://hpc4you.github.io

作者
Author: enine 时间: 2024-12-30 15:53
是不是也可以用AMD和Intel做个集群，做分子可能AMD比较好，这样做个集群可以互补

作者
Author: abin 时间: 2024-12-30 18:13

enine 发表于 2024-12-30 15:53
是不是也可以用AMD和Intel做个集群，做分子可能AMD比较好，这样做个集群可以互补

我说一下我能想到的.

没有什么不可以.

如果限定一个通用的指令集, 比如, SSE4.2, AVX2,
那么程序只搞一次即可.

如果要分别针对Intel/AMD处理器优化编译,
每一个软件, 至少都需要两个版本;
同时脚本还要写好判断, 满足A去Intel机器; 满足B去AMD机器...或者等等.
只能期望所有的用户, 都可看懂脚本, 并能根据需要选择/修改脚本, 否则就等着头疼吧.

再多一些,
还涉及到编译工具链的选择....

套用领导的说法, 一个月多200元津贴, 这套集群你就全权负责了.

问题是, 你乐意如此操作嘛?

我的建议是, 不要为了所谓性价比, 给终端用户添麻烦....

作者
Author: rendersea 时间: 2025-1-5 08:19
可以测试一下，再采购，看看AMD还是intel的效率高，我这里有AMD EPYC 9654的和INTEL 8488C的，有的用户 AMD跑的快，有的INTEL 跑的快。
理论上千，不如实际跑一下

作者
Author: zhujiabao 时间: 2025-2-12 14:30
9655实测如何，看规格感觉比9654提升有限啊

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