lammps计算离子穿透二维膜PMF不对称 - 计算化学公社

模拟的是二价离子渗透二维膜的PMF计算（图4），膜处在中间位置（48埃），左侧10个Co2+，Ni2+以及平衡的40个Cl-，右侧是纯水侧。在没有施加外力的情况下测试离子渗透的PMF，出现了离子渗透膜的PMF没有根据膜的位置对称的情况（图1）。

PMF设置情况如图3（没有施加外力），根据膜所处位置（48Å）两侧各取5Å，即43-53Å，每隔0.5Å取一个反应坐标，即一共21个窗口。弹簧spring constant取50kcal/mol Å2 [1]。该文献同为二维膜的二价离子渗透，且膜孔大小与我所用的膜孔大小相同。运行时间取3ns [2]。参考文献1和我的体系类似，都是二价离子渗透二维膜，且膜孔和我大小一样，因此选择了和这篇文献一样的spring值，参考文献2同样是二维膜的PMF计算，文章中说3ns 的时间已经足够，因此一个窗口3ns。但是这样计算出来的PMF结果在膜两侧不对称，按理来说离子渗透二维膜两侧的PMF应该是近乎相似才对，但是我做出来两侧数据相差很大，请问各位大佬，这是什么原因造成的。

[1] S. Majidi, H. Erfan-Niya, J. Azamat, E.R. Cruz-Chu, J.H. Walther, Separation and Purification Technology, 289 (2022) https://doi.org/10.1016/j.seppur.2022.120770.